Tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng cấp tính không nhập viện - kết quả bước đầu từ nghiên cứu EACRI (Việt Nam)

41
Hô hấp số 15/2018
Nghiên cứu: 
TÁC NHÂN VI SINH GÂY NHIỄM TRÙNG HÔ HẤP DƯỚI 
CỘNG ĐỒNG CẤP TÍNH KHÔNG NHẬP VIỆN – KẾT QUẢ 
BƯỚC ĐẦU TỪ NGHIÊN CỨU EACRI (VIỆT NAM)
P.H.Vân1,7*, N.V.Thành2, T.V.Ngọc3, N.Đ.Duy4, L.T.T.Hương5, 
C.T.M.Thúy6, L.T.K.Thảo1, N.T.H.Thảo1, P.T.Hương8, P.Q.Camelia9, P.T.Sơn9
1Phòng xét nghiệm Công ty Nam Khoa, 2Hội Lao và Bệnh Phổi Việt Nam, 
3Khoa Hô Hấp BV. Chợ Rẫy, 4Khoa Hô Hấp BV. Phạm Ngọc Thạch, 5Khoa Hô Hấp BV. Nhân Dân 
Gia Định, 6Khoa Hô Hấp BV. Đa Khoa Trung Ương Cần Thơ, 7Đại Học Phan Châu Trinh, 
8Đại Học Y Khoa Phạm Ngọc Thạch, 9Đại Học Sydney, *Chịu trách nhiệm chính
Tóm tắt:
Đặt vấn đề: Hiện nay trong nước chưa có dữ liệu về phổ tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp 
dưới cộng đồng không phải nhập viện vì đây là các đối tượng không có chỉ định làm xét nghiệm 
vi sinh, trong khi đó dữ liệu như vậy lại rất cần thiết để giúp các bác sĩ cho chỉ định điều trị kháng 
sinh.
Mục tiêu nghiên cứu: Sử dụng phương pháp nuôi cấy và real-time PCR để phát hiện các tác nhân 
vi sinh gây bệnh có trong mẫu đàm tin cậy lấy từ các bệnh nhân được lâm sàng chẩn đoán nhiễm 
trùng hô hấp dưới cấp tính không cần nhập viện.
Đối tượng và phương pháp: Đây là nghiên cứu tiến cứu mô tả cắt ngang thực hiện đa trung tâm 
với sự tham gia của 4 trung tâm lâm sàng và 1 phòng thí nghiệm trung tâm. Đối tượng nghiên cứu 
là các bệnh nhân từ 16 tuổi trở lên được lâm sàng chẩn đoán là nhiễm trùng hô hấp dưới cấp tính 
không cần thiết phải nhập viện và có đủ các tiêu chuẩn đưa vào cũng như đồng ý tham gia nghiên 
cứu. Mẫu bệnh phẩm được làm xét nghiệm là mẫu đàm và phương pháp xét nghiệm là nuôi cấy 
và real-time PCR để phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh. Ngoài ra mẫu quyệt mũi sau cũng 
được lấy để làm xét nghiệm real-time PCR phát hiện tác nhân virus.
Kết quả và bàn luận: Trong thời gian từ 1/2017 đến 2/2018 đã có 157 mẫu đàm lấy từ 157 bệnh 
nhân được khảo sát. Phối hợp cả hai kết quả nuôi cấy và real-time PCR thì có đến 144 (91.7%) 
trường hợp phát hiện được tác nhân vi sinh gây bệnh trong đó phát hiện đơn tác nhân là 24 trường 
hợp (15.3%) với S. pneumoniae chiếm đa số là 11 (7.0%) và H. influenzae là 9 (5.7%) và phát 
hiện đa tác nhân trong 120 (76.4%) trường hợp với đa số là có hiện diện S. pneumoniae và hay H. 
influenzae hoặc là phối hợp với nhau hoặc là phối hợp với tác nhân khác. Kết quả cũng cho thấy 
có một tỷ lệ đáng kể phát hiện được tác nhân virus nhưng thường là phối hợp với tác nhân khác 
chứ rất ít khi là đơn tác nhân. Kết quả nghiên cứu cũng cho đánh giá được hiệu quả của phương 
pháp nuôi cấy và phương pháp vi sinh trong phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh.
Kết luận: Đây là nghiên cứu đầu tiên áp dụng phương pháp nuôi cấy và real-time PCR trong phát 
hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh nhiễm trùng hô hấp dưới cấp tính cộng đồng. Kết quả này là 
một đóng góp rất cần thiết để các nhà lâm sàng có thể sử dụng trong chỉ định kháng sinh điều trị 
và đồng thời cũng là bằng chứng giúp xây dựng các phát độ kháng sinh điều trị.
 NghiêN cứu
42
Hô hấp số 15/2018
ĐẶT VẤN ĐỀ 
Nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng cấp tính là 
một bệnh lý rất thường gặp. Tùy thuộc vào đánh 
giá lâm sàng mà các bác sĩ có thể điều trị ngoại 
trú hay phải cho nhập viện. Đối với các bệnh nhân 
điều trị ngoại trú thì không nhất thiết phải làm 
xét nghiệm vi sinh và nếu phải sử dụng kháng 
sinh để điều trị thì bác sĩ thường cho liệu pháp 
kháng sinh kinh nghiệm có thể tác động được trên 
các tác nhân thường gặp được báo cáo qua các 
nghiên cứu hay qua các tài liệu tham khảo. Tại 
Việt Nam cho đến hiện nay hầu như có rất ít các 
nghiên cứu về tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng 
hô hấp cộng đồng điều trị ngoại trú. Do vậy trên 
các đối tượng bệnh nhân này thì việc cung cấp 
được dữ liệu về tác nhân vi sinh gây bệnh là rất 
Abstract:
MICROBIAL PATHOGENS CAUSING ACUTE LOWER RESPIRATORY 
INFECTIONS IN OUT PATIENTS - THE PRELIMINARY RESULTS 
FROM EACRI STUDY (VIETNAM)
Background: There are currently no data available on microbiological pathogens causing acute 
lower respiratory infections in out-patients because they are not indicated for microbiological 
testing, whereas such data are necessary to help the doctor to prescribe antibiotic treatment correctly
Main aims: Use of culture methods and real-time PCR to detect microbial pathogens present in 
reliable sputum samples that was obtained from patients who were clinically diagnosed with acute 
lower respiratory tract infection out-patients.
Objectives and methods: This is a cross-sectional, multicenter, prespective study with the 
participation of four clinical centers and one central laboratory. Patients aged 16 years and older 
who were clinically diagnosed with acute lower respiratory infection were not required to be 
admitted to the hospital and were eligible for inclusion as well as consent to participate in the 
study. Specimens to be tested are the sputa and the test method is culture and real-time PCR for 
the detection of pathogenic micro-organisms. In addition, post-nasal swab are also collected for 
real-time PCR detection of the virus.
Results and discussions: In the period from 1/2017 to 2/2018, 157 samples were obtained from 
157 patients. Combining both culture and real-time PCR results, microbial pathogens were 
detected from 144 (91.7%) cases, with 24 (15.3%) were mono-pathogens in which S. pneumoniae 
was detected in 11 (7.0%) and H. influenzae in 9 (5.7%) case, multi-pathogen were detected in 
120 (76.4%) cases, with the majority were S. pneumoniae combined with H. influenzae and/or 
combined with other pathogens, S.pnemoniae combined with other pathogens, and H. influenzae 
combine with other pathogens. The results also show that a significant percentage of viral 
pathogens were detected but were usually associated with other pathogens and rarely as single 
agents. The results of the study also evaluated the effectiveness of culture methods and real-time 
PCR in the detection of microbial pathogens.
Conclusions: This is the first study to apply culture and real-time PCR in the detection of 
microbial pathogens that cause acute lower respiratory infections out-patients. This result is a 
very necessary contribution for clinicians to use in the prescription of of antibiotic treatment and 
also supply the evidence for the guildline of antibiotic therapy.
Key words: Acute lower respiratory infection pathogens.
NghiêN cứu
43
Hô hấp số 15/2018
cần thiết. Tuy nhiên chọn giải pháp xét nghiệm vi 
sinh nào để có thể phản ảnh được thật sự các tác 
nhân vi sinh gây bệnh là một vấn đề cần xem xét. 
Gần đây đã có một báo cáo về phổ vi sinh gây 
nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng phải nhập 
viện (1) mà kết quả real-time PCR cho thấy tác 
nhân S. pneumoniae chiếm đa số, khác biệt với 
kết quả nuôi cấy chỉ phát hiện các tác nhân bệnh 
viện như A. baumannii, P. aeruginosa, E. coli và 
Enterobacter spp. Điều này cho thấy xét nghiệm 
vi sinh là thất bại trong phát hiện các tác nhân 
cộng đồng thường gặp trên các bệnh nhân viêm 
phổi cộng đồng phải nhập viện, lý do có thể do đa 
số bệnh nhân đã sử dụng kháng sinh trước. Còn 
trên các bệnh nhân nhiễm trùng hô hấp dưới có 
thể điều trị ngoại trú thì đa số là các bệnh nhân 
mới chưa dùng kháng sinh trước nên xét nghiệm 
vi sinh có thể hữu dụng hơn chăng. Tuy nhiên xét 
nghiệm real-time PCR cũng rất cần thiết nhờ khả 
năng phát hiện các tác nhân vi sinh mà phương 
pháp nuôi cấy vi sinh không thể phát hiện được 
như vi khuẩn không điển hình, virus
MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU 
Mục tiêu của nghiên cứu này là sử dụng phương 
pháp vi sinh kinh điển là nuôi cấy kết hợp với 
phương pháp real-time để phát hiện các tác nhân 
vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp dưới (NTHHD) 
cộng đồng ở người lớn có thể điều trị ngoại trú. 
Các mục tiêu cụ thể bao gồm phân tích các tác 
nhân vi sinh phát hiện được và đánh giá độ nhạy 
của phương pháp vi sinh và phương pháp real-
time PCR trong việc phát hiện được từng tác nhân 
cụ thể.
ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN 
CỨU 
Bệnh nhân:
Đây là một nghiên cứu đa trung tâm với 5 trung 
tâm tham gia trong đó phòng xét nghiệm Công 
ty Nam Khoa là nơi thực hiện xét nghiệm còn 4 
trung tâm còn lại là BV. Phạm Ngọc Thạch (PNT), 
Phòng khám Đa khoa Ngọc Minh (ĐKNM), BV. 
Đa Khoa Trung Ương Cần Thơ (TWCT), và BV. 
Nhân Dân Gia Định (NDGĐ) chịu trách nhiệm 
chọn bệnh nhân đưa vào nghiên cứu và lấy bệnh 
phẩm gửi đi xét nghiệm. Đối tượng nghiên cứu là 
các bệnh nhân được lâm sàng chẩn đoán nhiễm 
trùng hô hấp dưới cấp có thể điều trị ngoại trú 
với các tiêu chuẩn nhận vào là (1) 16 tuổi trở lên. 
(2) Được chẩn đoán NKHHD cấp tính có thể điều 
trị ngoại trú. (3) Không có nguy cơ nhiễm khuẩn 
kháng thuốc. (4) Có khả năng uống thuốc. (5) Không 
có tiền sử dị ứng với thuốc nhóm beta-lactam. (6) 
Đồng ý ký phiếu thỏa thuận tham gia nghiên cứu 
(consent form). (8) Đồng ý tái khám. Loại trừ 
khỏi nghiên cứu các bệnh nhân phải nhập viện, 
bệnh nhân lao, bệnh nhân bị hen, bệnh nhân viêm 
xoang, bệnh nhân không lấy được đàm hay mẫu 
đàm không tin cậy. Thời gian nghiên cứu là từ 
1/2017 đến cuối tháng 7/2018. Có 5 trường hợp 
bệnh lý được cho là nhiễm trùng hô hấp dưới cấp, 
đó là: (i) Nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng với 
triệu chứng hô hấp xảy ra cấp tính (trong vòng 21 
ngày), ho và kèm theo ít nhất một trong các biểu 
hiện triệu chứng hô hấp dưới (như khạc đàm, khó 
thở, khò khè, đau ngực) mà các triệu chứng này 
không giải thích được cho bệnh nào khác (thí dụ 
như viêm xoang, hen, lao). (ii) Viêm phế quản cấp, 
là tình trạng bệnh cấp tính xảy ra trên bệnh nhân 
không có bệnh phổi mạn tính từ trước. (iii) Viêm 
phổi là tình trạng bệnh cấp tính, thường khoảng 
trên 4 ngày, kèm theo triệu chứng của ít nhất một 
khu vực (focal) phổi mới xuất hiện tổn thương 
được xác định bằng hình ảnh X quang ngực có 
hình mờ phổi với tính chất gợi ý mới xuất hiện và 
không giải thích được cho bất kỳ bệnh nào khác, 
CRP >20mg/L(2). (iv) Đợt cấp COPD là sự cố xấu 
đi của triệu chứng trên nền bệnh đang có, cần phải 
thay đổi điều trị so với trị liệu cơ bản; Chẩn đoán 
COPD cần có ≥140 điểm lâm sàng hoặc ≥210 
điểm theo thang điểm CT-COPDS (3); Được xem 
là một đợt cấp nhiễm khuẩn COPD trong nghiên 
cứu này gồm lâm sàng: có 3 triệu chứng mới 
xuất hiện: tăng khó thở, tăng lượng đàm và tăng 
đàm mủ hoặc có 2 triệu chứng kể trên nhưng một 
trong đó là tăng đàm mủ (4) và CRP>15mg/L (5). 
(v) Đợt cấp dãn phế quản là tình trạng xấu đi của 
 NghiêN cứu
44
Hô hấp số 15/2018
triệu chứng trên bệnh nhân có triệu chứng gợi ý 
dãn phế quản (ho, đàm, ho máu); Chẩn đoán dãn 
phế quản dựa trên triệu chứng lâm sàng, X quang 
ngực (có hình ảnh gián tiếp gợi ý) hoặc tiền sử đã 
có chẩn đoán dãn phế quản bằng CT ngực có độ 
phân giải cao; Được xem là một đợt cấp nhiễm 
khuẩn trong nghiên cứu này gồm các tiêu chuẩn: 
Lâm sàng là khạc đàm đục, và CRP là >15mg/L. 
Đánh giá để quyết định không điều trị ngoại trú 
và không thu nhận nghiên cứu là các bệnh nhân 
cần nhập viện điều trị khi có tình trạng toàn thân 
nặng (giảm tri giác, huyết áp <90/60mmHg, nhịp 
tim >100lần/p, nhịp thở >30lần/p, SpO2 <90% 
khi thở khí phòng); Có các bệnh đồng mắc nặng 
(suy tim, suy thận, suy gan); Có nguy cơ nhiễm 
khuẩn kháng thuốc (có đợt cấp về hô hấp trong 
vòng 3 tháng, vừa xuất viện trong 30 ngày, nằm tại 
giường trên 4 tuần, đang sử dụng corticosteroide 
uống).
Bệnh phẩm và phương pháp nghiên cứu:
Bệnh phẩm được khảo sát trong nghiên cứu này 
là đàm và quệt mũi sau. Đàm được lấy ngay sau 
khi bệnh nhân được chẩn đoán là nhiễm trùng 
hô hấp dưới cấp có thể điều trị ngoại trú, có đủ 
tiêu chuẩn đưa vào nghiên cứu và trước khi cho 
bệnh nhân dùng kháng sinh. Để lấy đàm, bệnh 
nhân được yêu cầu súc miệng bằng nước muối 
sinh lý vô trùng trước khi khạc đàm. Đàm khạc 
được cho vào lọ vô trùng nắp vặn chặt. Quyệt 
mũi sau được lấy bằng que tăm bông kẽm và 
được cho vào mũi đến khi chạm vào thành sau 
của hốc mũi. Bệnh phẩm sau khi lấy xong được 
chuyển ngay tới phòng xét nghiệm của Công ty 
Nam Khoa. Đối với mẫu lấy từ BV. Đa Khoa TW 
Cần Thơ thì ngay sau khi lấy xong mẫu được cho 
vào thùng xốp có gel đá để chuyển đến phòng 
xét nghiệm của công ty Nam Khoa ngay trong 
ngày. Tại phòng xét nghiệm, mẫu đàm được làm 
một phết nhuộm Gram và quan sát dưới quang 
trường x100. Mẫu được đánh giá là tin cậy để 
nuôi cấy và làm xét nghiệm real-time PCR khi 
có những quang trường có >25 bạch cầu đa nhân 
trung tính/quang trường và <10 tế bào biểu mô/
quang trường. Các mẫu tin cậy được tiến hành 
nuôi cấy định lượng dựa theo qui trình thường qui 
mà phòng xét nghiệm đang áp dụng. Sau khi tiến 
hành nuôi cấy, các mẫu được chuyển đến bộ phận 
dịch vụ xét nghiệm sinh học phân tử để được tiến 
hành xét nghiệm real-time PCR phát hiện các tác 
nhân vi sinh gây bệnh có trong mẫu. Các mẫu 
quệt mũi sau được làm xét nghiệm real-time PCR 
chứ không qua nuôi cấy. Qui trình real-time PCR 
phát hiện các tác nhân vi sinh hiện diện trong 
các mẫu đàm hay bệnh phẩm có đàm tại phòng 
thí nghiệm công ty Nam Khoa được tóm tắt như 
sau: (1) Trước hết mẫu được làm thuần nhất bằng 
một thể tích dung dịch thuần nhất đàm là PBS có 
chứa NALC (N-Acetyl L-Cysteine). (2) Sau đó 
mẫu được tách chiết nucleic acid trên máy tách 
chiết tự động KingFisher FLEX của hãng Thermo 
với bộ thuốc thử NKRNADNAprep-MAGBEAD 
của công ty Nam Khoa, bộ thuốc thử này đã được 
thẩm định bằng cách so sánh với phương pháp 
BOOM tách chiết nucleic acid, phương pháp 
sử dụng Trizol-LS tách chiết RNA và phương 
pháp tách chiết nucleic acid dùng hệ thống kín 
MagnaPure của Roche (6). (3) Các tách chiết 
nucleic acid từ các mẫu đàm được đưa vào thực 
hiện real-time PCR sử dụng các mồi và taqman 
probe đặc hiệu để phát hiện và định lượng các 
tác nhân vi sinh bao gồm: (i) các vi khuẩn cộng 
đồng là Streptococcus pneumoniae, Haemophilus 
influenzae, H. influenzae type b, M. catarrhalis, 
Streptococci nhóm A, Streptococci nhóm B, và 
Streptococcus suis; (ii) các vi khuẩn không điển 
hình là Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia 
pneumoniae, Bordetella pertussis, Bordetella 
parapertussis, và Legionella pneumophila; (iii) 
các vi khuẩn bệnh viện là Staphylococcus aureus 
kháng hay nhạy methicillin, S. epidermidis kháng 
hay nhạy methicillin, S. aureus có độc tố Pantom-
Valentine Leukocydine, Enterococcus faecalis, E. 
faecium, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, và 
A. baumannii; các virus là Influenzavirus A, B, C, 
Parainfluenzavirus 1, 2, 3, Respiratory Syncytial 
Virus, Human Metapneumovirus, Rhinovirus, và 
Adenovirus. Các multiplex real-time PCR trên 
được công ty Nam Khoa chế tạo dựa trên nhiều 
NghiêN cứu
45
Hô hấp số 15/2018
nghiên cứu đã công bố trước đây (7-9). Kết quả 
phát hiện và định lượng các tác nhân vi sinh gây 
bệnh được trả lời qua số đơn vị phát hiện được 
(detection unit) và mỗi đơn vị phát hiện được là 
tương đương 5 copies tác nhân vi sinh dựa theo 
ng ... o hình ảnh tiêu biểu hay do 
vi khuẩn bị chết nhanh trong mẫu thử trước khi 
kịp tiến hành nuôi cấy. Độ nhạy của real-time 
PCR trong phát hiện tác nhân P. aeruginosa và vi 
nấm cũng cao hơn nuôi cấy, 100% so với 14.3% 
và 9.1%. Độ nhạy trong phát hiện M. catarrhalis 
của real-time PCR là 93.3% cao hơn phương 
pháp nuôi cấy là 53.3%. Có lẽ nguyên do là các 
khúm vi khuẩn đã bị bỏ qua khi phân tích kết 
quả cấy. Đối với K. pneumoniae, độ nhạy của 
phương pháp nuôi cấy là 75% cao hơn real-time 
PCR là 53.8% do có 2 trường hợp nuôi cấy được 
tác nhân K. pneumoniae mà real-time PCR lại 
không phát hiện được mặc dù các mồi và probe 
thiết kế là rất đặc hiệu cho K. pneumoniae, điều 
này có thể là do mồi và probe chưa đủ bao phủ 
được tất cả các dòng K. pneumoniae hay vì một 
lý do nào đó đã bị cạnh tranh bởi các DNA khác 
hiện diện trong mẫu thử được tách chiết DNA. 
Đối với hai tác nhân Streptococcus group A và 
E. coli thì độ nhạy của real-time PCR và nuôi 
cấy là giống nhau, có nghĩa là cả hai phương 
pháp đều phát hiện được hai tác nhân này, tuy 
nhiên do số lượng quá ít nên kết luận này chỉ có 
tính tương đối.
BÀN LUẬN 
Xét nghiệm vi sinh mẫu đàm để xác định được 
tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp dưới 
là không phải dễ dàng vì các tác nhân phát hiện 
được cũng có thể là tác nhân hiện diện trong vùng 
Tác nhân
PCR Cấy Kết 
hợp
Tác 
nhân
PCR Cấy Kết 
hợpN Se % N Se % N Se % N Se %
Fungi 11 100 1 9.1 11 Adeno 2 100 0 0 2
Viết tắt: HI: H. influenzae, SP: S. pneumoniae, MC: M. catarrhalis, 
MP: M. pneumoniae, GAS: Streptococcus spp Group A, GBS: 
Streptococcus spp. Group B, Eco: E. coli, Eclo: E. cloacae, Eaero: 
E. aerogenes, Eaggl: E. agglomerans, KLP: K. pneumoniae, 
PSA: P. aeruginosa, AB: A. baumannii, SAU: S. aureus, Rhino: 
Rhinovirus, Adeno: Adenovirus, FluA: Influenzavirus A, FluB: 
Influenzavirus B, Para3: Parainfluenzavirus 3, RSV: Respiratory 
Syncital Virus
Rhino 16 100 0 0 16
FluA 6 100 0 0 6
FluB 6 100 0 0 6
Para3 3 100 0 0 3
RSV 1 100 0 0 1
 NghiêN cứu
52
Hô hấp số 15/2018
hầu họng. Chính vì vậy việc đánh giá mẫu đàm để 
xem có tin cậy hay không bằng quan sát đại thể và 
quan sát vi thể phết nhuộm Gram ở quang trường 
100X là bắt buộc phải thực hiện. Cho dù mẫu đàm 
có được đánh giá là tin cậy nhưng không phải tác 
nhân vi sinh nào phát hiện được trong mẫu cũng 
đều được cho là tác nhân vi sinh gây bệnh mà phải 
dựa vào kết quả định lượng hay bán định lượng. 
Kết quả định lượng phải đạt tối thiểu 105 tế bào 
vi khuẩn phân lập được trong 1ml mẫu đàm hay 
kết quả bán định lượng vi khuẩn phải hiện diện 
trên đường cấy thứ 3 của hộp thạch phân lập thì 
vi khuẩn phân lập được mới được xem là tác ngân 
gây bệnh. Phương pháp real-time PCR ngoài kết 
quả phát hiện được tác nhân vi sinh gây bệnh còn 
cho được kết quả định lượng là số lượng copy bộ 
gen tác nhân vi sinh cho 1ml đàm nên real-time 
PCR cũng có thể được xem như cấy định lượng 
nhưng có nhiều ưu điểm hơn cấy định lượng như: 
(1) Phát hiện được các tác nhân vi sinh không thể 
nuôi cấy được thường qui như virus, vi khuẩn 
không điển hình; (2) Độ nhạy cao nhờ giới hạn 
phát hiện rất thấp, có thể đến 1 copy trong một 
thể tích mẫu thử cho vào phản ứng nhờ bản chất 
là khuếch đại gen rồi mới phát hiện (10-12); (3) Vượt 
qua được các hạn chế của phương pháp nuôi cấy 
như đòi hỏi điều kiện bảo quản và chuyên chở 
chặt chẽ để vi khuẩn phải còn sống cho đến khi 
nuôi cấy, còn real-time PCR thì chỉ cần bảo quản 
lạnh để tác nhân vi sinh trong mẫu không bị xáo 
trộn cũng như nucleic acid của chúng không bị 
phá hủy cho đến khi xét nghiệm. Với các lợi điểm 
như vậy nên gần đây, ngày càng có nhiều báo cáo 
cho thấy real-time PCR là giải pháp nhạy cảm và 
đặc hiệu nhất trong phát hiện các tác nhân vi sinh 
gây viêm phổi hay nhiễm trùng hô hấp dưới 
(7-9, 13,14). Chính vì những lý do như vậy nên trong 
nghiên cứu này ngoài nuôi cấy, phương pháp 
real-time PCR cũng được sử dụng để phát hiện 
các tác nhân vi sinh gây bệnh trong mẫu thử là 
đàm và quệt mũi sau trong đó quệt mũi sau như là 
phương pháp bổ sung cho phát hiện tác nhân virus. 
Đối với các bác sĩ điều trị thì việc quyết định 
kháng sinh trong điều trị nhiễm trùng hô hấp dưới 
cấp tính cộng đồng mà không cần phải nhập viện 
là phải sử dụng kháng sinh hướng đến các tác 
nhân vi khuẩn được ghi nhận là thường gặp nhất. 
Hội Lao và Bệnh Phổi Việt Nam trong hướng dẫn 
điều trị các bệnh nhiễm trùng hô hấp dưới không 
phải do lao đã đưa ra khuyến cáo sử dụng kháng 
sinh tác động trên các vi khuẩn S. pneumoniae, H. 
influenzae, M. catrarrhalis, các Streptococcus tiêu 
huyết beta, các vi khuẩn không điển hình như M. 
pneumoniae, C. pneumoniae và L. pneumophila. 
Tuy nhiên cho đến bây giờ vẫn chưa có một dữ 
liệu nào trong nước đủ tin cậy để nói được trong 
các tác nhân trên thì tác nhân nào là chủ yếu. Vào 
năm 2009 đã có một công trình nghiên cứu của 
Takahashi K. và các cs. thực hiện ở Khánh Hòa sử 
dụng phương pháp PCR để phát hiện các tác nhân 
vi sinh gây viêm phổi cộng đồng phải nhập viện, 
tuy nhiên công trình này thực hiện trong dịch cúm 
2009 nên khó có thể phản ánh phổ vi sinh thật sự 
gây CAP (15). Chúng tôi cũng đã thực hiện những 
công trình nghiên cứu chứng minh hiệu quả của 
kỹ thuật real-time PCR trong phát hiện các tác 
nhân vi sinh gây viêm phổi cộng đồng trên các 
bệnh nhân người lớn và trẻ em phải nhập viện (16-18) 
với kết quả cho thấy tác nhân chủ yếu gây bệnh 
là S. pneumoniae, ngoài ra H. influenzae và M. 
catarrhalis cũng chiếm tỷ lệ đáng kể; tác nhân vi 
khuẩn không điển hình M. pneumoniae cũng có 
vai trò rất quan trọng, có thể là tác nhân gây bệnh 
chủ yếu và cũng có thể có vai trò phối hợp, đặc 
biệt trong viêm phổi ở trẻ em. Năm 2016 chúng 
tôi đã thực hiện một công trình nghiên cứu đa 
trung tâm sử dụng phương pháp nuôi cấy thường 
qui tại các bệnh viện tham gia và phương pháp 
real-time PCR tại phòng thí nghiệm của công ty 
Nam Khoa để phát hiện các tác nhân vi sinh gây 
nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng phải nhập 
viện (1). Với phương pháp real-time PCR, kết quả 
nghiên cứu cho thấy tác nhân S. pneumoniae là 
chủ yếu, kế đó là H. influenzae; tuy nhiên kết quả 
nuôi cấy là hoàn toàn thất bại trong phát hiện S. 
pneumoniae còn đối với tác nhân H. influenzae 
thì tỷ lệ phát hiện được rất thấp, trong khi đó 
chỉ phát hiện được các tác nhân vi khuẩn bệnh 
NghiêN cứu
53
Hô hấp số 15/2018
viện như K. pneumoniae, E. coli, P. aeruginosa 
và tác nhân A. baumannii với tỷ lệ tương đương 
phương pháp real-time PCR. Nghiên cứu này đã 
chỉ ra rằng trên các bệnh nhân nhiễm trùng hô 
hấp dưới cộng đồng phải nhập viện mặc dù kết 
quả nuôi cấy chỉ phân lập được các tác nhân vi 
khuẩn bệnh viện nhưng thật ra tác nhân chủ yếu 
vẫn là S. pneumoniae và H. influenzae. Ngoài 
ra kết quả nghiên cứu cũng cho thấy giải pháp 
real-time PCR rất là cần thiết trong xét nghiệm 
vi sinh nhiễm trùng hô hấp dưới phải nhập viện 
vì nếu chỉ dựa vào kết quả cấy thì việc lạm dụng 
các kháng sinh mạnh hướng đến các tác nhân vi 
khuẩn bệnh viện là sẽ không tránh khỏi. 
Đối với các nhiễm trùng hô hấp dưới cấp 
cộng đồng mà không cần nhập viện thì hiện nay 
khó có thể tìm được các dữ liệu nghiên cứu về tác 
nhân vì chỉ định xét nghiệm vi sinh là không cần 
thiết. Như vậy dữ liệu vi sinh gây bệnh trên các 
đối tượng này chỉ có thể có được trên các nghiên 
cứu tiến cứu mà thôi, và đây chính là một nghiên 
cứu như vậy. Kết quả sơ bộ của nghiên cứu này đã 
cho thấy nuôi cấy vẫn có giá trị vì tỷ lệ phát hiện 
được tác nhân vi khuẩn gây bệnh đạt được đến 
75.2% và vi khuẩn phát hiện được cũng chủ yếu 
là các vi khuẩn cộng đồng kinh điển bao gồm H. 
influenzae 63.1%, kế đó là S. pneumoniae 25.5%, 
K. pneumoniae và M. catarrhalis được ghi nhận 
là tác nhân thứ ba với tỷ lệ là 5.7% và 5.1%. Các 
tác nhân vi khuẩn bệnh viện cũng được ghi nhận 
nhưng tỷ lệ khá thấp. Như vậy thì khác với đối 
tượng nhiễm trùng hô hấp dưới cấp tính phải nhập 
viện khi mà xét nghiệm vi sinh không thể phân 
lập được hay chỉ phân lập được ở một tỷ lệ rất 
thấp các vi khuẩn cộng đồng và sự khác biệt này 
có lẽ là do bệnh nhân trước khi vào bệnh viện đã 
sử dụng kháng sinh trước cũng như có các yếu tố 
làm tăng nặng bệnh cảnh nhiễm trùng trong đó có 
nhiễm các vi khuẩn bệnh viện. Kết quả real-time 
PCR trong nghiên cứu này đã thực sự làm phong 
phú hơn về tác nhân vi sinh gây bệnh phát hiện 
được nhờ phát hiện được một tỷ lệ đến 21.7% các 
virus trong đó chiếm đa số là Rhinovirus 10.2% 
rồi influenzavirus A, B và parainfluenzavirus 3 
chiếm đến 9.6%; và vi khuẩn không điển hình 
M. pneumoniae chiếm 3.8%. Kết quả real-time 
PCR cũng đã làm thay đổi tỷ lệ vi khuẩn cộng 
đồng phát hiện được với kết quả tỷ lệ phát hiện 
S. pneumoniae lên đến 71.3% (trong khi nuôi cấy 
chỉ 25.5%). Sự kết hợp của hai phương pháp nuôi 
cấy và real-time PCR đã thật sự cho chúng ta một 
bức tranh toàn diện và phong phú về tác nhân vi 
sinh gây nhiễm trùng hô hấp dưới cấp cộng đồng 
không phải nhập viện như đã trình bày trong phần 
kết quả.
KẾT LUẬN
Không dễ gì để có được dữ liệu về tác nhân vi sinh 
gây nhiễm trùng hô hấp dưới cấp tính cộng đồng 
không phải nhập viện vì đây là những đối tượng 
không có chỉ định làm xét nghiệm vi sinh. Do vậy 
mà các hướng dẫn sử dụng kháng sinh điều trị 
bước đầu trên các đối tượng bệnh nhân này cũng 
chỉ dựa vào các thông tin về tác nhân vi sinh phổ 
biến được ghi nhận trên các tài liệu giáo khoa hay 
các nghiên cứu nước ngoài. Đây là một nghiên 
cứu đầu tiên được thực hiện trong nước trên đối 
tượng người lớn được lâm sàng chẩn đoán nhiễm 
trùng hô hấp dưới cấp tính chỉ cần điều trị ngoại 
trú. Kết quả nghiên cứu tuy là bước đầu trên 157 
bệnh nhân nhưng cũng đã cho một dữ liệu khá 
phong phú về tác nhân vi sinh gây bệnh, đó là: (1) 
xét về phổ tác nhân vi sinh gây bệnh thì phổ biến 
nhất là S. pneumoniae, kế đó là H. influenzae rồi 
đến M. catarrhalis; (2) Tác nhân virus được phát 
hiện với tỷ lệ khá cao mà phổ biến là Rhinovirus 
với tỷ lệ còn cao hơn M. catarrhalis; (3) Tác nhân 
vi khuẩn không điển hình được phát hiện là M. 
pneumoniae nhưng ở tỷ lệ khá thấp khác với kết 
quả mà chúng tôi đã nghiên cứu trên đối tượng là 
trẻ em tỷ lệ M. pneumoniae được phát hiện khá 
cao (17,18). (4) Các tác nhân vi khuẩn bệnh viện 
chiếm tỷ lệ khá thấp và đây cũng chính là yếu 
tố giúp cho các đối tượng bệnh nhân được lâm 
sàng chỉ định điều trị ngoại trú, khác với nghiên 
cứu trước đây trên các bệnh nhân nhiễm trùng hô 
hấp dưới phải nhập viện trong đó có một tỷ lệ 
đáng kể phát hiện được tác nhân vi khuẩn bệnh 
viện; (4) Đa số các trường hợp là có sự phối hợp 
 NghiêN cứu
54
Hô hấp số 15/2018
nhiều tác nhân, trong đó cao nhất là phối hợp S. 
pneumoniae với H. influenzae hoặc đơn thuần 
hoặc phối hợp với các tác nhân khác, kế đó là 
phối hợp S. pneumoniae với các tác nhân khác, 
rồi đến phối hợp H. influenzae với các tác nhân 
khác, chỉ có một tỷ lệ nhỏ phối hợp các tác nhân 
vi khẩn bệnh viện với các tác nhân khác. Chúng 
tôi hy vọng rằng các dữ liệu của nghiên cứu này 
sẽ là một đóng góp cho các nhà điều trị xây dựng 
phát đồ điều trị kháng sinh hiệu quả trên các đối 
tượng người lớn được chẩn doán nhiễm trùng hô 
hấp dưới điều trị ngoại trú. 
Lời cám ơn: Nghiên cứu EACRI (Etiology 
and Efficacy of AMX/SBT therapy on out-patient 
with Community-acquired LRTI) được thực hiện 
với sự tài trợ của công ty Imexpharm. Nhóm 
nghiên cứu xin chân thành cám ơn.
Tài liệu tham khảo
1. Vân P.H. và cs. (2017). Tác nhân vi sinh gây viêm 
phổi cộng đồng phải nhập viện – Kết quả nghiên 
cứu REAL 2016-2017. Hội Hô Hấp TP. HCM
2. Falk G and Fahey T. (2009). C-reactive protein and 
community-acquired pneumonia in ambulatory 
care: systematic review of diagnostic accuracy 
studies. Family Practice; 26: 10–21 
3. Thành N.V. và CS. (2012). Xây dựng mô hình hệ 
thống quản lý và điều trị hiệu quả COPD và Hen 
phế quản trong bệnh viện và ở cộng đồng. NXB Y 
Học 2012, 57-69 
4. Woodhead M. et al. (2011). Guidelines for the 
management of adult lower respiratory tract 
infections – full version. Clin Microbiol Infect.; 
17(Suppl. 6): E1–E59
5. Peng C et al. (2013). C-reactive protein levels 
predict bacterial exacerbation in patients with 
chronic obstructive pulmonary disease. Am J Med 
Sci.; 345(3):190-4.
6. Van P.H. et al. (2015). The solution for the low-income 
countries to establish the automatic extraction of 
the nucleic acid from the clinical samples. Asean 
Congress on Medical Biotechnology and Molecular 
Biosciences 2015. October 8th – 9th, 2015 at Arnoma 
Grand Hotel, Bangkok, Thailand. Pp37
7. Gadsby N. J. et al. (2015). Development of two 
real-time multiplex PCR assays for the detection 
and quantification of eight key bacterial pathogens 
in lower respiratory tract infections. Clin Microbiol 
Infect. 21:788.e1-788.e13
8. Jan J. O. et al. (2015). Impact of Rapid Detection 
of Viral and Atypical Bacterial Pathogens by Real-
Time Polymerase Chain Reaction for Patients 
with Lower Respiratory Tract Infection. Clinical 
Infectious Diseases. 41:1438–44.
9. Alicia Edin et al. (2015). Development and 
Laboratory Evaluation of a Real-Time PCR Assay 
for Detecting Viruses and Bacteria of Relevance 
for Community-Acquired Pneumonia. The Journal 
of Moleculat Diagnostics. 17(3):315-324
10. Vân P.H. (2009). PCR và real-time PCR: Các vấn 
đề cơ bản và các ứng dụng thường gặp. Nhà xuất 
bản y học. tr3-tr33
11. Naomi J. Gadsby et al. (2016). Comprehensive 
Molecular Testing in CAP. CID. 62(1 April):817-823
12. Margret Schuller et al. (2010). PCR for Clinical 
Microbiology. Springer publisher. Pp11-48
13. Chae Lim Jung et al. (2010). Clinical Evaluation 
of the Multiplex PCR Assay for the Detection of 
Bacterial Pathogens in Respiratory Specimens 
from Patients with Pneumonia. Korean J Clin 
Microbiol 13(1): 40-45. 
14. Tie-Gang Zhang et al. (2015). Detection of 
respiratory viral and bacterial pathogens causing 
pediatric community-acquired pneumonia in 
Beijing using real-time PCR. Chronic Diseases 
and Translational Medicine.1:110-16
15. Takahashi K., Yoshida L. M. et al. (2013). The 
incidence and aetiology of hospitalized community-
acquired pneumonia among Vietnamese adults: a 
prospective surveillance in Central Vietnam. BMC 
Infectious Diseases. 13:296
16. Vy T.T.T. (2014). Xác định tỷ lệ các tác nhân vi 
khuẩn không điển hình gây viêm phổi nhập viện 
tại Bệnh Viện Nguyễn Tri Phương trong thời gian 
từ tháng 11/2013 đến 06/2014. Luận Văn Thạc Sĩ 
Y Học.
17.. Vân B.L.H.B. (2015). Tác nhân gây viêm phổi 
cộng đồng không đáp ứng với điều trị kháng sinh 
ban đầu ở trẻ dưới 5 tuổi tại Khoa Nội Tổng Quát 
2 Bệnh Viện Nhi Đồng 1. Luận Văn Thạc Sĩ Y Học 
chuyên ngành vi sinh. tr52-tr57
18. Khải T.Q. (2016). Đặc điểm bệnh viêm phổi thùy 
ở trẻ em tại khoa Nội Tổng Quát 2 bệnh viện Nhi 
Đồng 1. Luận văn tốt nghiệp thạc sĩ chuyên ngành 
nhi khoa. Tr60-tr67