Khảo sát phổ đột biến ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử 118 
KHẢO SÁT PHỔ ĐỘT BIẾN Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG 
GIAI ĐOẠN SỚM BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI 
Lê Gia Hoàng Linh1, Lương Bắc An1, Hồ Quốc Chương1, Ngô Quốc Đạt2, Nguyễn Hữu Thịnh2, 
Nguyễn Thị Quỳnh Thơ2, Nguyễn Hoài Nghĩa1, Giang Hoa3, Trần Diệp Tuấn2, Đỗ Thị Thanh Thủy3 
TÓM TẮT 
Mục tiêu: Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là một trong số ít bệnh lý ác tính có tiên lượng khá tốt nếu 
được phát hiện và điều trị sớm. Thời gian sống của bệnh nhân phụ thuộc chủ yếu vào giai đoạn bệnh ở thời điểm 
được chẩn đoán. Ở giai đoạn I, II hầu hết bệnh nhân có thể sống thêm 5 năm. Tỷ lệ này chỉ còn 60% ở giai đoạn 
III và 5-15% ở giai đoạn IV. Chính vì vậy việc chẩn đoán sớm rất quan trọng giúp cải thiện tỉ lệ khỏi bệnh, thời 
gian sống còn cũng như chất lượng sống của bệnh nhân. Hiện nay, ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ 
mới, nhiều bảng gen khác nhau được sử dụng trong khảo sát đột biến gen của UTĐTT. Trong nghiên cứu này 
chúng tôi sử dụng bảng 20 gen, dựa trên mục tiêu khảo sát các gen có khả năng biểu hiện kiểu hình cao (high 
penetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT và các gen liên quan đến tiên lượng hoặc tiên đoán đáp ứng với điều trị 
nhắm trúng đích phân tử. 
Đối tượng và phương pháp: 20 đối tượng được chẩn đoán UTĐTT ở giai đoạn I, II, III được thu mẫu 
FFPE và giải trình tự bảng 20 gen bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới. 
Kết quả: Chúng tôi phát hiện 12/20 bệnh nhân mang đột biến trên các gen thuộc panel gen đã thiết kế. 
Trong đó đột biến phát hiện ở gen TP53, APC chiếm tần suất >25%; các gen KRAS, PIK3CA chiếm 11,5%; 
BRAF, FBXW7, KMT2D chiếm 3,8%. 
Kết luận: Chuẩn bị thành công thư viện giải trình tự và lai-bắt giữ được trình tự 20 gen mục tiêu đã thiết 
kế, bước đầu khảo sát được các đột biến gen trên bệnh nhân ung thư trực tràng giai đoạn sớm. 
Từ khóa: ung thư đại trực tràng, giải trình tự thế hệ mới, đột biến sinh ung, phổ đột biến 
ABSTRACT 
INVESTIGATION OF MUTATION IN EARLY STAGE COLORECTAL CANCER WITH NEXT-
GENERATION SEQUENCING 
Le Gia Hoàng Linh, Luong Bac An, Ho Quoc Chuong, Ngo Quoc Dat, Nguyen Huu Thinh, 
Nguyen Thi Quynh Tho, Nguyen Hoai Nghia, Giang Hoa, Tran Diep Tuan, Do Thi Thanh Thuy 
* Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Vol. 25 - No 1 - 2021: 118-125 
Objectives: Colorectal cancer is one of the few malignancies that has a fairly good prognosis if detected and 
treated early. The patient's life time depends mainly on the stage of the disease at the time of diagnosis. In stage I 
and II, patients can live for 5 years. This rate is only 60% in stage III and 5-15% in stage IV. Therefore, early 
diagnosis is very important to help improve the cure rate, survival time as well as the patient's quality of life. 
Currently, applying next-generation sequencing technology, many different gene panel are used in the survey of 
genetic mutations of colorectal cancer. In this study, we use a panel of 20 genes, based on the goal of examining 
genes with high penetrance expression susceptibility to colorectal cancer and genes related to prognosis or 
predictive response with molecular targeting therapy. 
1Trung tâm Y Sinh Học Phân Tử, ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh 
2Khoa Y, ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh 3Viện Di truyền Y học TP. Hồ Chí Minh 
Tác giả liên lạc: BS. Đỗ Thị Thanh Thủy ĐT: 0908 487 425 Email: [email protected] 
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021
Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử 119 
Methods: 20 patients diagnosed with colorectal cancer in stage I, II and III were collected FFPE samples and 
panel of 20 genes using next-generation sequencing method. 
Results: From 20 FFPE samples, we detected mutations in 12 samples (60%). The frequency of mutation in APC was 
26.9%; in TP53 was 38.5%; in KRAS and PIK3CA was 11.5%; in BRAF, FBXW7, KMT2D was 3.8% 
Conclusion: We successful preparation of sequencing library and hybrid-capture sequence of 20 designed 
target genes, initially investigating genetic mutations in early stage colorectal cancer patients 
Keywords: colorectal cancer, next-generation sequencing, carcinoma, mutation 
ĐẶT VẤN ĐỀ 
Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là loại ung 
thư được chẩn đoán phổ biến thứ ba ở nam giới 
và thứ hai ở nữ giới, với ước tính 1,4 triệu trường 
hợp bệnh mới phát hiện và 0,7 triệu bệnh nhân 
tử vong trong năm 2018(1). Tỷ lệ này ở nam giới 
cao hơn nữ giới trong hầu hết các nghiên cứu 
trên toàn cầu. Khoảng 5% đến 10% những người 
bị UTĐTT có mang đột biến gen di truyền gây ra 
các hội chứng ung thư gia đình. Các hội chứng 
di truyền phổ biến nhất có liên quan đến UTĐTT 
là hội chứng đa polyp tuyến gia đình (FAP) và 
hội chứng Lynch; nhưng các hội chứng hiếm gặp 
khác cũng có thể làm tăng nguy cơ UTĐTT. 
Phần lớn UTĐTT là thể bệnh ngẫu nhiên đơn lẻ 
(sporadic), không có bằng chứng rõ ràng về rối 
loạn có tính di truyền. Khoảng 25% bệnh nhân 
còn lại có bệnh sử UTĐTT trong gia đình, cho 
thấy có sự đóng góp của nguyên nhân di truyền, 
của sự phơi nhiễm với yếu tố nguy cơ chung của 
các thành viên trong gia đình, hoặc kết hợp cả 
hai. Các đột biến gen di truyền đã được xác định 
là nguyên nhân gây ra nguy cơ ung thư di 
truyền ở một số gia đình UTĐTT; các đột biến 
gây bệnh này chiếm khoảng 5% đến 6% tổng số 
trường hợp UTĐTT. Các trường hợp còn lại rất 
có thể các gen chưa được phát hiện khác, kết hợp 
với các yếu tố nguy cơ không di truyền, đóng 
góp vào sự phát sinh UTĐTT gia đình. 
Các gen được xem là gen liên quan UTĐTT 
khi chúng là các yếu tố cần và đủ để gây bệnh, 
trên những gen này có mang những đột biến gây 
bệnh quan trọng(2). Chức năng của các gen liên 
quan UTĐTT chính đã được mô tả chi tiết trong 
thập niên vừa qua. Ba nhóm gen ung thư được 
đề xuất là nhóm gen ức chế khối u, nhóm gen 
sinh ung và nhóm gen sửa chữa DNA. Nhóm 
gen ức chế khối u tạo thành nhóm gen quan 
trọng nhất chịu trách nhiệm cho các hội chứng 
ung thư di truyền và là đại diện cho nhóm gen 
gây ra bệnh đa polyp tuyến gia đình (FAP - 
familial adenomatous polyposis), hội chứng đa 
polyp vị thành niên (JPS - juvenile polyposis 
syndrome) và nhiều hội chứng khác. Các đột 
biến dòng mầm gây bệnh trên gen sinh ung 
không phải là nguyên nhân di truyền quan trọng 
trong UTĐTT, mặc dù một số đột biến sinh 
dưỡng của chúng có mặt trong hầu hết các dạng 
của ung thư đường tiêu hoá. Các gen ổn định, 
đặc biệt là các gen sửa chữa lỗi bắt cặp sai (MMR 
– mismatch repair genes) khi bị đột biến sẽ gây 
ra hội chứng Lynch (còn được gọi là UTĐTT 
không đa polyp gia đình: HNPCC - hereditary 
nonpolyposis colorectal cancer), chiếm một phần 
đáng kể của UTĐTT di truyền(3). MUTYH là một 
ví dụ quan trọng khác của gen ổn định dẫn đến 
nguy cơ UTĐTT dựa vào sự sai sót trong khả 
năng sửa chữa lỗi sai(4). 
Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS: Next 
generation sequencing) là công nghệ giải trình tự 
gen tiên tiến, cho phép giải trình tự đồng thời 
hàng triệu phân mảnh DNA trong một phản 
ứng, vì vậy giúp giảm giá thành giải trình tự 
xuống đáng kể, có thể đạt đến $0,1 cho mỗi 1 
triệu nucleotide so với mức giá $2.400 của 
phương pháp giải trình tự Sanger truyền thống. 
Việc giải trình tự đồng thời hàng triệu phân 
mảnh DNA cho phép hàng trăm gen có thể được 
giải trình tự chỉ trong một phản ứng. Đây chính 
là tiền đề cho sự phát triển của y học cá thể hóa 
(personalized medicine) trong điều trị và chẩn 
đoán ung thư. Hiện nay phương pháp giải trình 
tự trúng đích (targeted sequencing) thay vì giải 
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử 120 
trình tự cả bộ gen (whole genome sequencing: 
WGS) được sử dụng phổ biến trong giải trình tự 
các gen mục tiêu(5). Trong phương pháp giải 
trình tự trúng đích, các phân mảnh DNA từ gen 
mục tiêu sẽ được làm giàu thông qua bước nhân 
bản bằng PCR hoặc bằng các mẫu dò đặc hiệu 
gắn biotin trước khi giải trình tự. Ưu điểm của 
phương pháp này là giảm lượng gen giải trình 
tự do chỉ giải trình tự những vùng gen mục tiêu 
được làm giàu. Giải trình tự toàn thể bộ gen 
(WGS) và giải trình tự toàn bộ exon (WES) hiện 
đang được sử dụng để tìm các đột biến sinh 
dưỡng của khối u giúp tiên lượng và/hoặc tìm 
kiếm các phương pháp điều trị trúng đích, cũng 
như xác định các đột biến dòng mầm gây nguy 
cơ ung thư. Hiện nay, ứng dụng công nghệ giải 
trình tự gen thế hệ mới, nhiều bảng gen khác 
nhau được sử dụng trong khảo sát đột biến gen 
của UTĐTT. Do đột biến ung thư đa dạng, nên 
việc lựa chọn tổ hợp gen khảo sát (bao gồm số 
lượng gen và gen nào) để nhận dạng được đột 
biến trên mẫu mô u là một trong những yếu tố 
quan trọng quyết định độ nhạy của phương 
pháp phát hiện ung thư giai đoạn sớm(6). Để lựa 
chọn các gen khảo sát, chúng tôi dựa trên các 
gen có tần suất đột biến cao nhất trong UTĐTT 
và tổng 20 gen được lựa chọn sẽ chiếm ít nhất 
80% tổng tần suất đột biến xuất hiện trong 
UTĐTT. Do hiện nay các cơ sở dữ liệu di truyền 
về phổ đột biến ung thư của người Việt chưa 
đầy đủ, các gen được lựa chọn để khảo sát trong 
nghiên cứu này sẽ dựa trên các công bố trước 
đây và cơ sở dữ liệu COSMIC (Catalogue of 
Somatic Mutation in Cancer). Trong nghiên cứu 
này chúng tôi sử dụng bảng 20 gen chia làm 5 
phân nhóm chính: nhóm các gen kháng ung thư 
(APC, TP53, FAT4, LRP1B, TGFBR, FAT1); 
nhóm gen gây ung thư (BRAF); nhóm quy định 
cấu trúc NST (KMT2C, KMT2D, ARID1A, 
TRRAP); nhóm nhân tố phiên mã (ZFHX3, 
TCF7L2); nhóm gen liên quan đến con đường tín 
hiệu nội bào (KRAS, PIK3CA, ACVR2A, 
FBXW7, RNF43, SMAD4, PREX2). Theo bảng 
gen này, dựa trên mục tiêu khảo sát các gen có 
khả năng biểu hiện kiểu hình cao (high 
penetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT và các gen 
liên quan đến tiên lượng hoặc tiên đoán đáp ứng 
với điều trị nhắm trúng đích phân tử. 
ĐỐI TƯỢNG- PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 
Đối tượng nghiên cứu 
Mẫu được sử dụng trong nghiên cứu là mẫu 
mô u của 20 bệnh nhân UTĐTT giai đoạn I, II và 
III tại bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí 
Minh trong thời gian từ tháng 09/2019 đến tháng 
10/2020. 
Tiêu chuẩn chọn mẫu 
Được chẩn đoán xác định UTĐTT giai đoạn 
I, II, III (theo tiêu chuẩn của AJCC VII) 
Có đầy đủ thông tin hành chính, tiền căn, 
giai đoạn bệnh, kết quả giải phẫu bệnh. 
Đồng ý tham gia nghiên cứu. 
Tiêu chuẩn loại trừ 
UTĐTT giai đoạn IV hoặc đã di căn. 
Không đồng ý tham gia nghiên cứu. 
Phương pháp nghiên cứu 
Thiết kế nghiên cứu 
Nghiên cứu mô tả cắt ngang. 
Phương pháp thực hiện 
Tách chiết DNA từ mô u (FFPE) và kiểm tra nồng độ 
dsDNA 
DNA từ mô u (FFPE) được tách chiết bằng 
bộ kit QiaAmp DNA FFPE kit (Qiagen). Quy 
trình tách chiết được tiến hành theo hướng dẫn 
của bộ kit. Các mẫu DNA được tiến hành kiểm 
tra nồng độ và lưu trữ tại -30oC. 
Hệ thống QFX Fluorometer (Denovix, USA) 
dựa trên nguyên lí định lượng các phân tử DNA 
được gắn chèn chất nhuộm huỳnh quang. Nồng 
độ DNA được phản ánh thông qua chỉ số mật độ 
huỳnh quang đo được. Bộ kít Denovix dsDNA 
HS (High Sensitivity) assay có độ chọn lọc cao 
đối với mạch đôi DNA (dsDNA) và định lượng 
chính xác mẫu DNA có nồng độ ban đầu từ 
5pg/µl đến 25 ng/µl. 
Kết quả nồng độ DNA thu được sau tách 
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021
Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đoán Hình Ảnh-Xét Nghiệm 121 
chiết được ghi nhận lại. Quy trình thực hiện theo 
hướng dẫn của nhà sản xuất. 
Tạo thư viện giải trình tự 
DNA tách chiết từ mẫu FFPE được phân 
mảnh bằng enzyme fragmentase (NEBNext 
dsDNA Fragmentase). 
Phản ứng phân cắt được thực hiện tại 370C 
trong 24 phút. 
Sản phẩm sau phân cắt được kiểm tra bằng 
điện di trên gel Agarose, kích thước sản phẩm 
tập trung 150bp-300bp. 
Sản phẩm DNA sau phân mảnh được tiến 
hành sửa đuôi (NEBNext FFPE DNA Repair 
Mix) và chuẩn bị thư viện (NEBNext Ultra II 
DNA Library Prep Kit for Illumina). 
Các bước tiến hành theo hướng dẫn của nhà 
sản xuất. 
Giải trình tự trên hệ thống giải trình tự NextSeq 550 
Các mẫu thư viện được gộp chung (pooling) 
và được biến tính (denatured) với dung dịch 
NaOH 0,2N để thư viện tách mạch tạo chuỗi 
đơn. Thư viện sau đó được pha loãng về nồng 
độ 1,5pM (đối với kít giải trình tự NextSeq550 
Mid Output 150 Cycles) trước khi nạp vào 
cartridge. Quá trình giải trình tự trải qua 2 bước 
chính: tạo cụm (clustering) và giải trình tự 
(sequencing). 
Trong nghiên cứu này, để đảm bảo được khả 
năng phát hiện được các đột biến có tần suất 
thấp rất thấp, chúng tôi sử dụng bộ hóa chất 
NextSeq Mid output kit (150 cycles) tại độ sâu 
~1.000X. Thông tin giải trình tự được hiển thị 
qua các thông số: 
- Quality Scores: Tiêu chuẩn Q30 (nghĩa là độ 
chính xác của giải trình tự cho mỗi nucleotide là 
99,9%) phải lớn hơn 90%. 
- Cluster Density: Mật độ cụm được tạo trên 
mm2 (tối ưu với kít Mid Output 150 cycles: 170-
220K/mm2). 
- Clusters Passing Filter (%): Thể hiện phần 
trăm số cụm vượt qua được các yêu cầu về chất 
lượng base giải trình tự (Q30) và tín hiệu ở các 
cụm không bị chồng lên nhau. Thông thường, 
chất lượng giải trình tự tối ưu khi cluster passing 
filter đạt >90%. 
- Estimated Yield: Khối lượng dữ liệu dự 
kiến thu được. 
Phân tích dữ liệu giải trình tự 
Dữ liệu giải trình tự được xuất dưới định 
dạng base call file (bcl), các cặp trình tự (pair-end 
reads - PE) của các mẫu khác nhau được phân 
nhóm (demultiplex) thông qua trình tự nhận 
diện 8-bp (barcode) có trên trình tự index P7 và 
P5 dưới định dạng fastq bằng công cụ bcl2fastq 
(Illumina). Các cặp trình tự (PE reads) được sắp 
xếp (align/map) lên trình tự bộ gen của người 
phiên bản số 19 (human genome version hg19) 
bằng thuật toán BWA 0.7.1 (Burrows Wheeler 
Aligner). Những cặp trình tự sắp xếp duy nhất 
lên một vị trí trên bộ gen (uniquely mapped 
pair-end reads) sẽ được sử dụng để xác định đột 
biến di truyền. 
Đột biến điểm và đột biến mất/thêm đoạn 
ngắn được xác định bằng quy trình tính toán 
VarScan 2 qua nhiều bước kiểm tra để tăng độ 
tin cậy của mỗi đột biến được tìm thấy. 
Đột biến chuyển đoạn và dung hợp đoạn 
được xác định bằng quy trình FACTERA qua các 
bước: 1) xác định những cặp trình tự sắp xếp bất 
hợp lý trên trình tự bộ gen người (discordant 
reads) - đây là những trình tự bao phủ vùng 
chuyển đoạn và dung hợp đoạn nên sẽ có chiều 
dài chèn bất thường, hay được sắp xếp trên 2 
nhiễm sắc thể khác nhau, những cặp trình tự này 
được dùng xác lập những vùng gen có nhiều 
khả năng chuyển đoạn hay dung hợp đoạn; 2) 
xác định vị trí chuyển đoạn/dung hợp đoạn ở 
mức độ từng nucleotide - những vùng gen có 
nhiều khả năng chuyển đoạn hay dung hợp 
đoạn sẽ được xếp hạng dựa trên độ sâu tại vị trí 
chuyển đoạn hay dung hợp đoạn (tối thiểu là 
2X), sau đó những cặp trình tự sắp xếp đúng ở 
gần những vùng này sẽ được sử dụng để xác 
định chính xác vị trí nucleotide mà hiện tượng 
chuyển đoạn/dung hợp đoạn đã xảy ra; 3) kiểm 
tra đột biến chuyển đoạn/dung hợp đoạn bằng 
phương pháp giả lập trên máy tính - tạo ra 
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử 122 
những trình tự giả lập ở từng đột biến chuyển 
đoạn/dung hợp đoạn và tái sắp xếp những cặp 
trình tự lên trình tự giả lập này để kiểm tra mức 
độ định vị của những cặp trình tự. Tỉ lệ định vị 
cao (quality alignment) thể hiện độ chính xác của 
việc xác định đột biến chuyển đoạn/dung hợp 
đoạn. Tần suất của từng đột biến điểm và đột 
biến mất/thêm đoạn được tính toán dựa trên tỉ lệ 
từng loại nucleotide tại vị trí đột biến bằng phần 
mềm SAMtools. 
Xử lý số liệu 
Số liệu được chúng tôi nhập vào lưu trữ 
bằng phần mềm Microsorf Excel (phiên bản 
15.30). Về phân tích số liệu, chúng tôi sử dụng 
phần mềm R (phiên bản 4.0.0). Giá trị p <0,05 
được xem là có ý nghĩa thống kê. Biểu đồ được 
chúng tôi xây dựng bằng gói đồ thị (packages) 
ggplot2 trong phần mềm R. 
Y đức 
Nghiên cứu này được thông qua bởi Hội 
đồng Đạo đức trong nghiên cứu Y sinh học Đại 
học Y Dược TP. HCM, số 383/HĐĐĐ-ĐHYD, 
ngày 30/7/2019. 
KẾT QUẢ 
Trong thời gian từ tháng 12/2019 đến tháng 
06/2020, chúng tôi đã tiến hành thu mẫu tại bệnh 
viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh. Số lượng 
mẫu thu là được 20 mẫu mẫu mô u được đúc 
sáp (FFPE) của bệnh nhân UTĐTT giai đoạn I, II, 
III và cùng với các thông tin về độ tuổi, giới tính, 
giai đoạn ung thư, vị trí khối u, kích thước khối 
u, phân loại mô học, độ biệt hoá và tình trạng di 
căn hạch và các thông tin khác của bệnh nhân 
UTĐTT tham gia nghiên cứu. 
Bảng 1: Đặc tính lâm sàng của 20 bệnh nhân 
UTĐTT tham gia nghiên cứu 
Đặc điểm lâm sàng n=20 % 
Giới tính 
Nam 13 65% 
Nữ 7 35% 
Tuổi 
>40 20 100% 
≤ 40 0 0% 
Giai 
đoạn 
bệnh 
0 1 5% 
I 1 5% 
II 6 30% 
Đặc điểm lâm sàng n=20 % 
III 8 40% 
IV 1 
Không thỏa tiêu chuẩn 
chọn mẫu nên loại khỏi 
nghiên cứu 
Chưa phân loại 3 
Không thỏa tiêu chuẩn 
chọn mẫu nên loại khỏi 
nghiên cứu 
Mô học 
Carcinôm tuyến 19 95% 
Carcinôm tế bào 
thần kinh nội tiết 
1 5% 
Vị trí 
khối u 
Đại tràng 14 70% 
Trực tràng 5 25% 
Ống hậu môn 1 5% 
Dựa vào kết quả mô học, phần lớn các bệnh 
nhân UTĐTT tham gia nghiên cứu tập trung vào 
giai đoạn I và II. Trong đó, giai đoạn 0 là 1 (5%) 
trường hợp, giai đoạn I có 1 (5%) trường hợp và 
giai đoạn II có 6 (30%) trường hợp. Phần lớn số 
lượng bệnh nhân giai đoạn sớm (chiếm 35% số 
mẫu thu được), do đó đặc tính mẫu nghiên cứu 
có thể đảm bảo đáp ứng được yêu cầu phát hiện 
giai đoạn UTĐTT của đề tài (Bảng 1). 
Phần lớn khối u nằm tại đại tràng 14 trường 
hợp chiếm 70%, 5 trường hợp khối u tại trực 
tràng chiếm 25% và 1 trường hợp khối u tại ống 
hậu môn chiếm 5%. Nghiên cứu của chúng tôi 
tương đồng với nghiên cứu của Phipps và cộng 
sự, khi khảo sát 3284 trường hợp cho thấy phần 
lớn khối u nằm tại phần đại tràng chiếm 66% và 
trực tràng chiếm 34%. 
Trong 20 mẫu FFPE thu được, chúng tôi ghi 
nhận được 12 trường hợp có mang đột biến. 
Như vậy, độ nhạy của quy trình là số mẫu 
UTĐTT mang đột biến trong tổng số mẫu bệnh 
nhân UTĐTT tham gia nghiên cứu: 12/20= 60% 
(Bảng 2). 
Bảng 2: Kết quả giải trình tự trên 20 mẫu FFPE ở 
bệnh nhân UTĐTT 
Tên mẫu Giai đoạn Đột biến Tần suất 
CRCB02 I 
TP53 (R175H) 26,3% 
KMT2D (Q3934_Q3939del) 10,6% 
CRCB03 II 
PIK3CA (R88Q) 59,9% 
APC(S439*) 25,6% 
APC (S143fs) 24,1% 
APC(R1432*); 30,5% 
TP53(R213*). 18,6% 
FBXW7 (R479L) 22,9% 
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021
Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đoán Hình Ảnh-Xét Nghiệm 123 
Tên mẫu Giai đoạn Đột biến Tần suất 
CRCB04 0 KRAS(G12V) 37,8% 
CRCB06 II 
APC (E1228*) 33,3% 
TP53 (R213*) 21,7% 
CRCB09 III 
BRAF (V600E) 8,3% 
KRAS (G12V) 30% 
CRCB14 III 
APC (I1557*fs) 32,2% 
TP53 (R342*) 25% 
CRCB15 II PIK3CA (Q546R) 22,9% 
CRCB16 III 
APC (R564*) 23,2% 
TP53 (R210*) 32,4% 
TP53 (R342*) 9,6% 
CRCB17 III TP53(R213*) 60,7% 
CRCB18 II (-) 
CRCB19 III TP53 (R248Q) 15,4% 
CRCB20 II 
APC(R1432*) 4% 
TP53 (R282G) 8,6% 
CRCB22 II (-) 
CRCB23 III (-) 
CRCB25 III (-) 
CRCB28 III 
PIK3CA (R88Q) 26,6% 
KRAS (G12V) 29,6% 
TP53 (c.993+1G>C) 34,3% 
CRCB29 II (-) 
Phần lớn các đột biến xuất hiện trên 2 gen là 
TP53 và APC lần lượt chiếm tỉ lệ 38,5% và 26,9%. 
Phần còn lại là các đột biến trên gen PIK3CA, 
KRAS và FBXW7, BRAF, KMT2D. Thống kê phổ 
đột biến được thể hiện bằng Hình 1. 
Hình 1: Phổ đột biến từ 12 mẫu FFPE của bệnh nhân 
UTĐTT giai đoạn sớm 
BÀN LUẬN 
Việt Nam là nước có tỉ lệ UTĐTT tương đối 
cao, đứng hàng thứ hai trong các bệnh lý ác tính 
đường tiêu hoá và là vấn đề lớn đối với sức khoẻ 
cộng đồng. Theo báo cáo của tổ chức Y tế Thế 
giới thực hiện năm 2018 tại Việt Nam thì tỉ lệ 
UTĐTT là 11,47/100.000 dân đối với nam, đứng 
thứ tư sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư 
dạ dày; tỉ lệ này ở nữ là 6,11/100.000 dân, đứng 
thứ năm sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư 
vú và ung thư dạ dày(8). Có rất nhiều số liệu khác 
nhau về phân bố ung thư biểu mô tuyến trên 
khung đại tràng theo từng quốc qua và chủng 
tộc. Nhìn chung các số liệu đều thống nhất là 
UTĐTT xảy ra ở bên trái nhiều hơn bên phải, và 
nhiều nhất là ở trực tràng. Một nghiên cứu tại 
bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh cho 
tỉ lệ ung thư trực tràng 39,2%, đại tràng chậu 
hông 18,75%, đại tràng xuống 14,77%, đại tràng 
ngang 5,11%, đại tràng lên 12,5% và manh tràng 
9,65%(9). Đặc điểm này tương đồng với lâm sàng 
của nghiên cứu, tỷ lệ vị trí khối u ở đại tràng là 
70%, trực tràng là 25%. 
UTĐTT nguyên phát phần lớn là ung thư 
biểu mô tuyến (adenocarcinôm), chiếm khoảng 
90-95%. Ngoài ra các loại sarcôm ít gặp: phát 
sinh từ mô cơ trơn (leiomyosarcoma), mô mỡ 
(liposarcoma), mạch máu (hemangiosarcoma), 
bạch mạch (lymphangio-sarcoma), mô lưới 
(reticulosarcoma), mô lymphô (lymphosarcoma). 
Về mặt đại thể có các dạng chồi sùi, thể loét, thể 
thâm nhiễm và dạng vòng nhẫn. Tuy nhiên, kết 
hợp của các thể này với nhau cũng rất thường 
gặp. Trong đó, thể chồi sùi là dạng thường gặp 
nhất(10). 
Theo Hình 1, phần lớn các đột biến xuất hiện 
trên 2 gen là TP53 và APC, chiếm tỉ lệ 38,5% và 
26,9%. Do đối tượng nghiên cứu của chúng tôi là 
bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm nên giải thích 
được phổ đột biến xuất hiện nhiều đối với gen 
APC và TP53. Vai trò của APC và TP53 đã được 
ghi nhận nhiều trong các nghiên cứu trước đây 
về UTĐTT. UTĐTT là một bệnh không đồng 
nhất, tiên lượng được gắn liền với việc phân chia 
giai đoạn lâm sàng trong nhiều thập niên đã 
qua. Gần đây, trong một nghiên cứu giải trình tự 
exon đích của 1.321 gen liên quan đến ung thư 
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử 124 
từ 468 mẫu khối u, Schell MJ xác định được một 
nhóm gồm 17 gen giúp phân loại UTĐTT tốt 
nhất, trong đó APC đóng vai trò trung tâm trong 
dự đoán sống còn toàn bộ(11). Gen APC có thể 
mang 0, 1 hoặc 2 đột biến cắt cụt protein 
(truncating mutation), mỗi dạng có một tác động 
rất khác nhau đến sự sống còn. Các khối u 
không có đột biến nào của APC có tiên lượng 
xấu hơn so với các khối u chỉ mang một đột biến 
APC; tuy nhiên, những khối u mang hai đột biến 
APC kèm với đột biến KRAS và TP53 lại có tiên 
lượng xấu nhất. Sự tăng sinh tế bào quá mức do 
những đột biến trên gen APC tạo ra các polyp 
đại tràng. Mặc dù hầu hết những người mang 
đột biến trên gen APC sẽ phát sinh UTĐTT, 
nhưng số lượng những polyp và khoảng thời 
gian chúng trở nên ác tính phụ thuộc vào vị trí 
đột biến trên gen. 
Đột biến gen KRAS gặp trong khoảng 36 - 
40% UTĐTT, ở nghiên cứu này đột biến KRAS 
chiếm 11,5%. Phần lớn đột biến xảy ra ở các 
codon 12, 13 và 61 của gen KRAS. Các đột biến 
này tạo nên tình trạng kích hoạt liên tục của 
đường dẫn truyền tín hiệu KRAS. Đột biến 
KRAS làm cho tế bào kháng với điều trị bằng 
kháng thể đơn dòng chống EGFR(12,13). Bệnh 
nhân UTĐTT mang đột biến gen KRAS có tiên 
lượng kém hơn vì các thuốc điều trị nhắm trúng 
đích sẽ không hoạt động trên khối u. Các đột 
biến của gen RAS và PI3K cũng làm tăng khả 
năng di căn của các tế bào ung thư(14). Trong 
nghiên cứu này đột biến gen PIK3CA chiếm 
11,5%, các đột biến sinh dưỡng của gen PIK3CA 
đã được phát hiện trong 10 - 30% UTĐTT, 
những đột biến này thường xảy ra ở exon 9 và 
exon 20, gây kháng với điều trị bằng kháng thể 
đơn dòng chống EGFR(15). 
Các đột biến gen BRAF làm cho tế bào ung 
thư ác tính hơn. Vì thế những người có tế bào 
ung thư mang đột biến gen BRAF có tiên lượng 
xấu hơn. Khoảng 8 - 15% UTĐTT có mang đột 
biến BRAF(16,17). Đột biến BRAF có liên quan với 
UTĐTT ở bên phải và làm giảm tỷ lệ sống còn 
toàn bộ. Bệnh nhân UTĐTT mang các đột biến 
BRAF không đáp ứng với thuốc kháng thể đơn 
dòng chống EGFR như cetuximab hoặc 
panitumumab. Đột biến BRAF được báo cáo 
nhiều nhất là đột biến V600E. Đột biến các gen 
BRAF, KMT2D, FBXW7 chiếm tỷ lệ 3,8% trong 
nghiên cứu. 
KẾT LUẬN 
Bước đầu khảo sát được phổ đột biến của 
bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm trên mẫu 
FFPE. Ở các giai đoạn tiếp theo của nghiên cứu, 
chúng tôi sẽ thu thập cỡ mẫu lớn hơn để có thể 
thống kê được các vị trí đột biến “nóng” (hot-
spot mutation). Trong tương lai, chúng tôi sẽ có 
đủ thông tin để đưa ra cái nhìn tổng quát hơn về 
các vị trí “hot-spot” của các trên các gen được 
khảo sát. 
TÀI LIỆU THAM KHẢO 
1. Delman K A (2020). Introducing the "Virtual Tumor Board" 
series in CA: A Cancer Journal for Clinicians. CA Cancer J Clin, 
70(2):77. 
2. Markowitz SD, Bertagnolli MM (2009). Molecular origins of 
cancer: Molecular basis of colorectal cancer. New England Journal 
of Medicine, 361(25):2449-2460. 
3. Win AK, Jenkins MA, Buchanan DD, Clendenning M, Young 
JP, Giles GG, et al (2011). Determining the frequency of de novo 
germline mutations in DNA mismatch repair genes. Journal of 
Medical Genetics, 48(8):530-534. 
4. Wang L, Baudhuin LM, Boardman LA, Steenblock KJ, Petersen 
GM, Halling KC, et al (2004). MYH mutations in patients with 
attenuated and classic polyposis and with young-onset 
colorectal cancer without polyps. Gastroenterology, 127(1):9-16. 
5. Johnson B, Cooke L, Mahadevan D (2017). Next generation 
sequencing identifies 'interactome' signatures in relapsed and 
refractory metastatic colorectal cancer. Journal of Gastrointestinal 
Oncology, 8(1):20-31. 
6. Zhang J, Zhang S (2017). Discovery of cancer common and 
specific driver gene sets. Nucleic Acids Research, 45(10):e86. 
7. Phipps AI, Lindor NM, Jenkins MA, Baron JA, Win AK, 
Gallinger S, et al (2013). Colon and rectal cancer survival by 
tumor location and microsatellite instability: the Colon Cancer 
Family Registry. Diseases of the Colon and Rectum, 56(8):937-944. 
8. Ferlay J, Soerjomataram I, Dikshit R, Eser S, Mathers C, Rebelo 
M, et al (2015). Cancer incidence and mortality worldwide: 
sources, methods and major patterns in GLOBOCAN 2012. 
International Journal of Cancer, 136(5):E359-E386. 
9. Nguyễn Thúy Oanh, Lê Quang Nghĩa (2003). Kết quả chẩn 
đoán 176 trường hợp ung thư qua nội soi đại tràng bằng ống soi 
mềm. Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 7(1):148-154. 
10. Quách Trọng Đức, Nguyễn Trường Kỳ (2015). Đặc điểm nội soi 
và mô bệnh học của ung thư đại trực tràng: nghiên cứu loạt ca 
trên 1.033 trường hợp. Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 19(1):114-
119. 
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021
Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đoán Hình Ảnh-Xét Nghiệm 125 
11. Schell MJ, Yang M, Teer JK, Lo FY, Madan A, Coppola D, et al 
(2016). A multigene mutation classification of 468 colorectal 
cancers reveals a prognostic role for APC. Nature 
Communications, doi: 10.1038/ncomms11743. 
12. Amado RG, Wolf M, Peeters M, Van Cutsem E, Siena S, 
Freeman DJ, et al (2008). Wild-type KRAS is required for 
panitumumab efficacy in patients with metastatic colorectal 
cancer. Journal of Clinical Oncology, 26(10):1626-1634. 
13. Tan C, Du X (2012). KRAS mutation testing in metastatic 
colorectal cancer. WJG, 18(37):5171-5180. 
14. Lan YT, Jen-Kou L, Lin CH, Yang SH, Lin CC, Wang HS, et al 
(2015). Mutations in the RAS and PI3K pathways are associated 
with metastatic location in colorectal cancers. Journal of Surgical 
Oncology, 111(7):905-910. 
15. Normanno N, Rachiglio A, Lambiase M, Martinelli E, Fenizia F, 
Esposito C, et al (2015). Heterogeneity of KRAS, NRAS, BRAF 
and PIK3CA mutations in metastatic colorectal cancer and 
potential effects on therapy in the CAPRI GOIM trial. Annals of 
Oncology, 26(8):1710-1714. 
16. Bamford S, Dawson E, Forbes S, Clements J, Pettett R, Dogan A, 
et al (2004). The COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in 
Cancer) database and website. British Journal of Cancer, 91(2):355-
358. 
17. Iacopetta B, Li W, Grieu F, Ruszkiewicz A, Kawakami K (2006). 
BRAF mutation and gene methylation frequencies of colorectal 
tumours with microsatellite instability increase markedly with 
patient age. Gut, 55(8):1213-1214. 
Ngày nhận bài báo: 10/12/2020 
Ngày nhận phản biện nhận xét bài báo: 20/02/2021 
Ngày bài báo được đăng: 10/03/2021