Đánh giá vai trò của xét nghiệm vi sinh trong chẩn đoán các tác nhân gây nhiễm khuẩn hô hấp dưới

TỔNG QUAN 
THỜI SỰ Y HỌC 03/2017 29 
ĐÁNH GIÁ VAI TRÒ CỦA XÉT NGHIỆM VI SINH 
TRONG CHẨN ĐOÁN CÁC TÁC NHÂN GÂY 
NHIỄM KHUẨN HÔ HẤP DƯỚI 
Võ Đức Chiến* Trần Thị Kiều** Từ Ngân Trâm** Phạm Hùng Vân** 
TÓM TẮT: 
Qua con đường sinh bệnh của nhiễm khuẩn hô hấp 
dưới chúng ta sẽ thấy bệnh phẩm đầu tiên để có thể 
phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh chính là đàm 
hay các bệnh phẩm có đàm lấy được từ bệnh nhân. 
Tuy nhiên xét nghiệm đàm là một xét nghiệm có rất 
nhiều thách thức cần phải vượt qua vì đây là một bệnh 
phẩm có tạp nhiễm nên phải làm thế nào bắt được 
đúng vi khuẩn gây bệnh chứ không phải là vi khuẩn tạp 
nhiễm. Ngoài ra, các tác nhân vi khuẩn gây bệnh 
thường gặp nhất lại là các tác nhân rất khó mọc, đòi 
hỏi phải có đủ các môi trường phân lập và phải được 
cấy ngay. Một bệnh phẩm khác cũng rất cần thiết phải 
được cấy để phát hiện tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi, 
đó là cấy máu. Tuy nhiên thách thức chính của cấy máu 
là tỷ lệ cấy máu (+) trong chẩn đoán viêm phổi thường 
thấp và có khi dương tính giả vì tạp nhiễm. Do vậy việc 
chọn thời điểm cấy máu đúng lúc cũng như phương 
tiện cấy máu thích hợp là rất cần thiết. Xét nghiệm 
huyết thanh và hóa miễn dịch phát hiện kháng thể hay 
kháng nguyên gây bệnh là giải pháp dành cho phát 
hiện các tác nhân gây bệnh không thể nuôi cấy thường 
qui như virus hay vi khuẩn không điển hình, tuy nhiên 
xét nghiệm tìm kháng nguyên thường không đủ nhạy 
còn xét nghiệm tìm kháng thể thường không hữu dụng 
vì đòi hỏi phải làm huyết thanh kép (IgG) hay độ nhạy 
cũng như độ đặc hiệu thường kém và đòi hỏi phải có 
giá trị cắt thùy thuộc vào vùng dịch tễ. Giải pháp mang 
tính đột phá và khả thi nhất hiện nay để có thể phát 
hiện được các tác nhân vi sinh gây viêm phổi là sử 
dụng kỹ thuật multiplex real-time PCR vì đây là kỹ thuật 
có độ nhạy và độ đặc hiệu cao, dễ dàng thực hiện tại 
các phòng thí nghiệm lâm sàng vì chi phí đầu tư vừa 
phải và có thể thực hiện tự động hóa. Giải pháp này đã 
được đánh giá qua nhiều nghiên cứu được thực hiện 
tại BV. Nguyễn Tri Phương và BV. Nhi Đồng 1, và hiện 
nay là nghiên cứu REALS. Các kết quả ghi nhận được 
đã cho thấy có multiplex realtime PCR có khả năng 
phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh cao hơn nhiều 
lần so với phương pháp thường qui tại các phòng thí 
nghiệm. Mô hình để thực hiện giải pháp này được gọi 
là mô hình STREAMLINE REAL-TIME PCR với hai 
thiết bị cơ bản là: (1) thiết bị tách chiết DNA/RNA tự 
động sử dụng kit NKDNARNAPREP-MAGBEAD để 
tách chiết DNA/RNA bằng hạt từ bọc silica, và (2) thiết 
*BV Nguyễn Tri Phương. email: myhanhchien@gmail.com 
**Công ty Nam Khoa, phhvan.nkbiotek@gmail.com 
bị real-time PCR sử dụng các bộ kit bao gồm 
NKARIbac real-time PCR phát hiện các tác nhân vi 
khuẩn cộng đồng, NKARIatypicalbac real-time PCR 
phát hiện tác nhân vi khuẩn không điển hình, 
NKARIvirus real-time PCR phát hiện tác nhân virus, và 
NKHAPVAPbac real-time PCR phát hiện các tác nhân 
vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện hay viêm phổi thở 
máy. Với mô hình này, kết quả có thể đến tay bác sĩ rất 
kịp thời để có thể sử dụng giải pháp kháng sinh trúng 
đích các tác nhân vi khuẩn gây bệnh rất kịp thời mà 
khỏi phải sử dụng kháng sinh bước đầu kinh nghiệm. 
Từ khóa: Tác nhân vi sinh viêm phổi và nhiễm trùng 
cấp hô hấp dưới 
ABSTRACT: 
EVALUATION OF ROLE OF THE CLINICAL 
MICROBIOLOGY TESTS IN THE DETECTION OF 
PATHOGENS CAUSING LOWER RESPIRATORY 
INFECTIONS. 
Based on the pathogenesis of the lower respiratory 
tract infections, the first specimen should be obtained 
from patients to detect the causative microbial agent is 
the sputum specimens. However, sputum is the 
contaminated specimen so that the big challenge must 
be overcome is to confirm the isolated bacteria is the 
pathogen, not the contaminated one. In addition, the 
most common pathogens of the lower respiratory tract 
infection are the fastidious bacteria requiring the 
immediate isolating on multiple media. Another 
specimen should be collected to detect bacterial 
pathogens causing pneumonia is the blood culture. The 
main challenge in the blood culture is the ratio of blood 
culture blood culture (+) in the diagnosis of pneumonia 
is often low and sometimes false positives because of 
contamination. So that blood cultures must be done at 
the right time on the appropriate blood cultures media. 
Serological and immunochemical test to detect the 
specific antibodies and antigens of the causative 
pathogens are the main solution for the detection of the 
pathogens that cannot be cultured routinely in most of 
the clinical laboratory like viruses and atypical bacteria, 
but these kinds of tests are often not sensitive and 
specificity enough (antigen and IgM detection) as well 
as not clinical relevant (IgG detection). Innovative and 
the most feasible solutions at present that can be able 
to detect microbial agents causing LRI are using the 
multiplex real-time PCR technique thank to its high 
sensitive and specificity, easily performed in the clinical 
laboratories due to the moderate investment costs and 
CHUYÊN ĐỀ HÔ HẤP 
30 THỜI SỰ Y HỌC 03/2017 
can implement automation. This solution has been 
evaluated by several studies were conducted in 
Nguyen Tri Phuong and Children's Hospital 1, and now 
in REALS project. The received results have shown 
that multiplex real-time PCR capable of detecting 
pathogenic microbial agents with the sensitivity several 
times higher than the routine method. Model to 
implement this solution is called STREAMLINE REAL-
TIME PCR with two basic devices: (1) The automatic 
DNA/RNA extraction machine using 
NKDNARNAPREP-MAGBEAD, and (2) the real-time 
PCR machine using kits including NKARIbac real-time 
PCR for detection of community bacteria, 
NKARIatypicalbac real-time PCR for detection of 
atypical bacteria, NKARIvirus real-time PCR for 
detection of viral pathogen, NKHAPVAPbac real-time 
PCR for detection of nosocomial bacteria causing HAP 
and VAP bacterial pathogens. With this solution, the 
results of detection microbiological pathogens causing 
lower respiratory infection can arrive to the physicians 
timely, avoid the using of the empirical antibiotic 
treatment for longtime since the targeted antibiotic 
treatment can be done to the patients sort time after the 
clinical diagnosis. 
Key words: Micro-organism pathogens causing 
pneumonia and lower respiratory tract infection 
ĐẶT VẤN ĐỀ 
Theo thống kê của Bộ Y Tế năm 2008 thì viêm 
phổi là một trong những tác nhân gây tử vong hàng 
đầu với tỷ lệ 2.34 trên 100.000 dân. Một trong các 
nguyên nhân làm cho viêm phổi có tỷ lệ tử vong 
cao là do bác sĩ điều trị không thể cho được kháng 
sinh điều trị trúng đích vì kết quả xét nghiệm vi 
sinh thường không xác định được tác nhân vi sinh 
gây bệnh. Chính vì vậy việc áp dụng kỹ thuật real-
time PCR, một kỹ thuật có độ nhạy và độ đặc hiệu 
cao để phát hiện được các tác nhân vi sinh gây 
bệnh viêm phổi cũng như nhiễm trùng hô hấp dưới 
là một tiếp cận chẩn đoán rất cần thiết để giải quyết 
được các thách thức trong xác định tác nhân vi sinh 
gây bệnh mà các phương pháp vi sinh truyền thống 
không thể vượt qua được. 
CÁC THÁCH THỨC TRONG XÉT NGHIỆM VI SINH 
THƯỜNG QUI VÀ MIỄN DỊCH 
Xét nghiệm vi sinh thường qui: 
Qua con đường sinh bệnh của nhiễm khuẩn hô 
hấp dưới chúng ta sẽ thấy bệnh phẩm đầu tiên để 
có thể phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh 
chính là đàm hay các bệnh phẩm có đàm lấy được 
từ bệnh nhân. Tuy nhiên xét nghiệm đàm là một 
xét nghiệm có rất nhiều thách thức cần phải vượt 
qua vì đây là một bệnh phẩm vốn dĩ bị tạp nhiễm 
vì phải qua đường hầu họng nên yêu cầu chính yếu 
của xét nghiệm vi sinh là phải nuôi cấy để có thể 
bắt được đúng vi khuẩn gây bệnh chứ không phải 
là vi khuẩn tạp nhiễm. Ngoài ra, các tác nhân vi 
khuẩn gây bệnh đường hô hấp dưới thường gặp 
nhất lại là các tác nhân vi khuẩn rất khó mọc đòi 
hỏi phải có đủ các môi trường phân lập và phải 
được cấy ngay mà các yêu cầu cơ bản này thường 
ít được đáp ứng tại các phòng thí nghiệm vi sinh 
lâm sàng tại các bệnh viện. Một bệnh phẩm khác 
cũng rất cần thiết phải được cấy để phát hiện tác 
nhân vi khuẩn gây viêm phổi, đó là cấy máu. Tuy 
nhiên thách thức chính của cấy máu là tỷ lệ cấy 
máu (+) trong chẩn đoán viêm phổi thường thấp 
dưới 14% do không phải tác nhân vi khuẩn gây 
bệnh nào cũng có khả năng xâm lấn vào máu, 
ngoài ra kết quả cấy máu cũng có nhiều khi bị (+) 
giả do bị tạp nhiễm vì các lỗi kỹ thuật trong quá 
trình cấy máu tại giường cũng nhu quá trình theo 
dõi cấy máu tại phòng thí nghiệm. Do vậy việc 
chọn thời điểm cấy máu đúng lúc cũng như 
phương tiện cấy máu thích hợp là rất cần thiết. 
Không chỉ vậy phòng thí nghiệm phải có qui trình 
để kết quả cấy máu đến tay lâm sàng kịp thời để 
xét nghiệm cấy máu thật sự có hữu dụng cho lâm 
sàng. 
Xét nghiệm huyết thanh: 
Xét nghiệm huyết thanh phát hiện kháng thể đặc 
hiệu tác nhân vi sinh gây bệnh là giải pháp mà một 
số phòng thí nghiệm hiện nay đang sử dụng để phát 
hiện các tác nhân không thể nuôi cấy thường qui 
như virus hay vi khuẩn không điển hình, tuy nhiên 
xét nghiệm tìm kháng thể đặc hiệu thuộc lớp IgG 
thường không hữu dụng vì đòi hỏi phải làm huyết 
thanh kép, còn xét nghiệm tìm kháng thể đặc hiệu 
thuộc lớp IgM lại có có vần đề về độ nhạy cũng 
như độ đặc hiệu và đòi hỏi phải có giá trị cắt thùy 
thuộc vào vùng dịch tễ. 
Xét nghiệm hóa miễn dịch: 
Xét nghiệm hóa miễn dịch phát hiện kháng 
nguyên hòa tan các vi khuẩn S. pneumoniae và 
Legionella trong nước tiểu cũng là giải pháp dành 
cho phát hiện hai tác nhân này. Tuy nhiên do giá 
thanh cao và độ nhạy của xét nghiệm này thường 
không cao nên cũng ít được sử dụng. Đối với các 
tác nhân virus hay vi khuẩn không điển hình, kỹ 
thuật ELISA hay nhuộm kháng thể huỳnh quang 
trực tiếp cũng được sử dụng, tuy nhiên các xét 
TỔNG QUAN 
THỜI SỰ Y HỌC 03/2017 31 
nghiệm này cũng khó áp dụng vì độ nhạy đa số 
không cao. 
Xét nghiệm real-time PCR 
Xét nghiệm real-time PCR phát hiện các tác 
nhân vi sinh gây viêm phổi và nhiễm trủng hô hấp 
dưới. Dựa trên nguyên tắc vừa nhân bản và vừa phát 
hiện các trình tự nucleic acid (DNA hay RNA) đặc 
hiệu trong mẫu thử mà real-time PCR hiện được 
xem là kỹ thuật có độ nhạy cao và độ đặc hiệu cao 
nhất trong phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh 
có mặt trong các bệnh phẩm khác nhau.1,2 Đã có 
nhiều báo cáo cho thấy real-time PCR là giải pháp 
nhạy cảm và đặc hiệu nhất trong phát hiện các tác 
nhân vi sinh gây viêm phổi hay nhiễm trùng hô hấp 
dưới.3-8 Các kết quả của các nghiên cứu trình bày 
sau đây chứng minh hiệu quả của việc áp dụng real-
time PCR do đơn vị Vi Sinh-Sinh Học Phân Tử 
Lâm Sàng của bệnh viện Nguyễn Tri Phương kết 
hợp với Đơn Vị Nghiên Cứu và Phát Triển của công 
ty Nam Khoa phát triển để phát hiện các tác nhân vi 
sinh gây viêm phổi cũng như các nhiễm trùng hô 
hấp dưới không phải viêm phổi trên các bệnh nhân 
người lớn và trẻ em. 
Trước hết là một nghiên cứu được thực hiện 
trên các bệnh nhân viêm phổi hay nhiễm trùng hô 
hấp dưới nhập viện điều trị tại khoa hô hấp bệnh 
viện Nguyễn Tri Phương. Nghiên cứu này thực 
hiện vào năm 2014 trên 124 bệnh nhân ngưới lớn.9 
Kỹ thuật real-time được thực hiện trên 124 mẫu 
đàm lấy từ các bệnh nhân trên để phát hiện các tác 
nhân vi khuẩn cộng đồng bao gồm S. pneumoniae, 
H. influenzae, M. catarrhalis, M. pneumoniae, C. 
pneumoniae, B. pertussis, B. parapertussis, L. 
pneumophila; và các virus bao gồm Influenzavirus 
A, B. pertussis, Parainfluenzavirus 1-2-3, 
Adenovirus, Respiratory Syncitial virus, và 
Human metapneumovirus. Tiêu chuẩn để xác định 
tác nhân chính gây bệnh là kết quả real-time PCR 
cho số định lượng cao nhất và phải ≥ 100.000 
copies trong 1 ml đàm. Kết quả nghiên cứu có 
64.5% các trường hợp phát hiện được tác nhân vi 
sinh gây bệnh, trong đó chiếm đa số là S. 
pneumoniae (39%), kế đó là vi khuẩn không điển 
hình (38%), H. influenzae (14%), M. catarrhalis 
(5%), còn lại 4% là các tác nhân virus (biểu đồ 1). 
Nghiên cứu cũng cho thấy các tác nhân vi khuẩn 
không điển hình còn phối hợp với các tác nhân 
chính gây bệnh là S. pneumoniae (29%) và H. 
influenzae (45.5%). Kết quả này đã chứng minh là 
xét nghiệm mẫu đàm bằng kỹ thuật real-time PCR 
đã bộc lộ được tỷ lệ phân bố thật sự các tác nhân 
vi sinh gây viêm phổi và nhiễm trùng hô hấp dưới 
vì tỷ lệ này rất giống các tỷ lệ được công bố trong 
các tài liệu giáo khoa mà từ lâu các bác sĩ lâm sàng 
của chúng ta thường không mấy quan tâm do thực 
tế nuôi cấy mẫu đàm tại các phòng xét nghiệm vi 
sinh tại các bệnh viện rất hiếm khi phát hiện được 
các tác nhân như S. pneumoniae hay H. influenzae, 
còn tác nhân vi khuẩn không điển hình như M. 
pneumoniae là qúa xa lạ vì đa số không có phương 
tiện để phát hiện. 
Biểu đồ 1: Phân bố các tác nhân chính gây bệnh phát hiện 
được bằng kỹ thuật real-time PCR thực hiện trên 124 mẫu đàm 
lấy từ 124 bệnh nhân viêm phổi và nhiễm trùng hô hấp dưới 
không phải viêm phổi nhập viện tại khoa hô hấp bệnh viện 
Nguyễn Tri Phương từ tháng 1//2013 đến 6/2014 
Một nghiên cứu khác thực hiện trên các bệnh 
nhi viêm phổi không đáp ứng với điều trị kháng 
sinh kinh nghiêm bước đầu.10 Đây là nghiên cứu 
thực hiện vào năm 2015 trên 32 trường hợp mẫu 
đàm trên khí quản lấy qua hút mũi hầu 
(NTA=naso-tracheal-aspirate). Cả 32 mẫu được 
đánh giá tin cậy dựa vào thang điểm Barlett và 
được nuôi cấy song song với real-time PCR. Ngoài 
xét nghiệm phát hiện các tác nhân vi khuẩn cộng 
đồng, vi khuẩn không điển hình và virus như trong 
nghiên cứu 2014 ở trên, real-time PCR trong 
nghiên cứu này còn phát hiện thêm các vi khuẩn 
nhiễm khuẩn bệnh viện bao gồm S. aureus (kháng 
hay không kháng methicillin), S. epidermidis 
(kháng hay không kháng methicillin), E. faecalis, 
E. faecium, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa 
và A. baumanni. Kết quả nghiên cứu cho thấy có 
87.5% (28/32) các trường hợp là phát hiện được 
tác nhân chính gây bệnh (tiêu chuẩn là có số định 
lượng cao nhất và ≥ 100.000 copies/ml đàm). Nếu 
so với nuôi cấy thì real-time PCR có tỷ lệ phát hiện 
tác nhân gây bệnh cao hơn nuôi cấy rất nhiều, cụ 
thể: phát hiện được 21 trường hợp S. pneumoniae 
S. pneumoniae 39%
H. influenzae 14%
M. catarrhalis 5%
Mycoplasma 21%
Chlamydia
B. pertussis 4%
Influenzavirus A 1%
Parainfluenzavirus 1 1%
Parainfluenzavirus 3
Respiratory Syncitial 
CHUYÊN ĐỀ HÔ HẤP 
32 THỜI SỰ Y HỌC 03/2017 
trong khi nuôi cấy không phát hiện được ca nào, 
phát hiện được 2 trường hợp H. influenzae trong 
khi nuôi cấy chỉ phát hiện được 1 trường hợp, phát 
hiện được 3 trường hợp E. coli trong khi nuôi cấy 
chỉ phát hiện được 1 trường hợp, phát hiện được 3 
trường hợp K. pneumoniae trong khi nuôi cấy chỉ 
phát hiện được 2 trường hợp, đối với P. aeruginosa 
cả real-time PCR và nuôi cấy đều phát hiện 1 
trường hợp. 
Biểu đồ 2: Phân bố các tác nhân chính gây bệnh phát hiện 
được bằng kỹ thuật real-time PCR thực hiện trên 32 mẫu NTA 
lấy từ 32 bệnh nhi viêm phổi không đáp ứng điều trị kháng 
sinh kinh nghiệm bước đầu 
Biểu đồ 2 trình bày tỷ lệ các tác nhân chính gây 
bệnh phát hiện được trong đó cao nhất là S. 
pneumoniae (50%); kế đó là M. pneumoniae 
(9.38%); các tác nhân H. influenzae, 
Parainfluenzavirus 3, và K. pneumoniae chiếm 
6.25% cho mỗi tác nhân; E. coli và RSV chiếm 
3.15% cho mỗi tác nhân. Nghiên cứu cũng cho 
thấy ngoài tác nhân chính gây bệnh, có sự phối hợp 
với các tác nhân khác , cụ thể là có đến 15.6% phối 
hợp S. pneumoniae + M. pneumoniae; 3.13% phối 
hợp S. pneumoniae + Parainfluenzavirus 3, phối 
hợp S. pneumoniae + Parainfluenzavirus 3 + K. 
pneumoniae chiếm 3.13%, phối hợp S. 
pneumoniae + Parainfluenzavirus 3 + K. 
pneumoniae + E. coli chiếm 3.13%, phối hợ p S. 
pneumoniae + Influenzavirus A + K. pneumoniae 
chiếm 3.13%, phối hợp S. pneumoniae + Parai 
nfluenzavirus 3 + Adenovirus + E. coli chiếm 
3.13%, và cuối cùng là phối hợp H. influenzae + 
P. aeruginosa chiếm 3.13%. Các kết quả thu nhận 
được trong nghiên cứu này đã cho thấy tác nhân 
chính gây viêm phổi ở trẻ em vẫn là S. pneumoniae 
dù kết quả vi sinh không cấy ra được trường hợp 
nào có S. pneumoniae vì đây là các trường hợp đã 
được cho kháng sinh kinh nghiệm bước đầu. Một 
điểm nữa cần lưu ý trong trong kết quả của nghiên 
cứu này là vai trò của các vi khuẩn không điển 
hình, đặc biệt là M. pneumoniae cũng có vai trò 
khá lớn không chỉ là tác nhân chính gây bệnh mà 
còn có vai trò tác nhân phối hợp nữa; chính vì vậy 
trong chỉ định kháng sinh điều trị bước đầu, bác sĩ 
phải xem xét thêm tác nhân M. pneumoniae để cân 
nhắc kháng sinh điều trị. 
Biểu đồ 3: Tỷ lệ các tác nhân gây bệnh phát hiện được bằng kỹ 
thuật real-time PCR thực hiện trên 52 mẫu NTA lấy từ 52 bệnh 
nhi viêm phổi thùy 
Năm 2016, một nghiên cứu thực hiện tại bệnh 
viện Nhi Đồng 1 trên các bệnh phẩm là các mẫu 
NTA lấy từ các bệnh nhân viêm phổi thùy.11 Cũng 
như nghiên cứu 2015, các mẫu NTA được đánh giá 
qua thang điểm Barlett và các mẫu tin cậy được 
tiến hành nuôi cấy vi sinh và làm xét nghiệm real-
time PCR phát hiện các tác nhân vi khuẩn và virus 
như nghiên cứu 2015. Có 52 mẫu NTA lấy từ 52 
bệnh nhi bị viêm phổi thùy được nuôi cấy và xét 
nghiệm real-time PCR. Tất cả 52 mẫu đều cho kết 
quả nuôi cấy âm tính trong khi cả 52 mẫu đều cho 
kết quả real-time PCR phát hiện được tác nhân vi 
sinh gây bệnh với tiêu chuẩn định lượng ≥100.000 
copies/ml. Trong 52 mẫu này có 2 mẫu mà bệnh 
nhân hoàn toàn không đáp ứng điều trị kháng sinh 
và kết quả real-time PCR lại phát hiện M. 
tuberculosis còn các tác nhân khác đều (-). Kết quả 
real-time PCR phát hiện tác nhân gây bệnh trong 
52 mẫu được trình bày trong biểu đồ 3 cho thấy tác 
nhân chiếm đa số là M. pneumoniae 69.2%,36 kế đó 
là S. pneumoniae 55.8%,29 H. influenzae 13.5%,7 
M. catarrhalis 7.7%,4 MRSA 3.9%,2 và M. 
tuberculosis 3.9%.2 Phân tích thêm kết quả cho 
thấy có 30 trường hợp một tác nhân, trong đó 21 là 
M. pneumoniae, 1 là M. tuberculosis, 8 là S. 
pneumoniae và 1 là M. tuberculosis; 22 trường hợp 
là nhiều tác nhân. Kết quả phân tích tác nhân phát 
hiện được nhờ xét nghiệm real-time PCR của 52 
6.25
50
9.38
3.13
6.25
3.13
6.25
3.13
12.5
H. influenzae
S. pneumoniae
M. pneumoniae
B. pertussis
Parainfluenzavirus 3
RSV
K. pneumoniae
E. coli
Âm nghiệm
69.2
55.8
13.5
7.7 3.9 3.9
0
10
20
30
40
50
60
70
80
M.
pneumoniae
S.
pneumoniae
H. influenzae M. catarrhalis MRSA M.
tuberculosis
TỔNG QUAN 
THỜI SỰ Y HỌC 03/2017 33 
trường hợp viêm phổi thùy được trình bày trong 
bảng 1. 
Một nghiên cứu gần đây nhất là nghiên cứu 
REALS được thực hiện đa trung tâm gồm bệnh 
viện Chợ Rẫy, bệnh viện Nhân Dân Gia Định, 
bệnh viện Phạm Ngọc Thạch và bệnh viện Đa 
Khoa Trung Ương Cần Thơ. Nghiên cứu này chưa 
tổng kết, tuy nhiên chúng tôi xin trình bày ra đây 
kết quả sơ bộ tại bệnh viện Chợ Rẫy với 70 mẫu 
đàm lấy từ bệnh nhân nhập viện khoa hô hấp bệnh 
viện Chợ Rẫy với chẩn đoán viêm phổi hay nhiễm 
trùng hô hấp dưới không phải viêm phổi. Các mẫu 
sau khi được đánh giá độ tin cậy qua thang điểm 
Barlett là được tiến hành nuôi cấy và làm xét 
nghiệm real-time PCR để phát hiện các tác nhân vi 
sinh gây bệnh gồm tác nhân vi khuẩn cộng đồng, 
vi khuẩn không điển hình, virus và các vi khuẩn 
bệnh viện. Kết quả xét nghiệm real-time cho thấy 
có 31 trường hợp (44.3%) phát hiện được tác nhân 
vi sinh chính gây bệnh với kết quả định lượng cao 
nhất và ≥ 100.000 copies/ml đàm. So với nuôi cấy 
thì chỉ có 13 trường hợp nuôi cấy dương tính 
(18.6%). Có 1 trường hợp cấy ra A. baumannii, 1 
trường hợp cấy ra P. aeruginosa, và 1 trường hợp 
cấy ra E. cloacae như kết quả real-time PCR của 
cả 3 trường hợp này đều âm nghiệm. Có 1 trường 
hợp cấy ra S. aureus kháng methicillin (MRSA) 
nhưng kết quả real-time PCR lại phát hiện S. 
pneumoniae với số copies 9.67M/ml kèm với H. 
influenzae với số copies 246K/ml. Còn là 9 trường 
hợp cấy dương tính là trùng khớp với kết quả real-
time PCR, bao gồm 4 trường hợp P. aeruginosa, 2 
trường hợp MRSA, và 3 trường hợp A. baumannii. 
Sự phân bố tác nhân vi sinh chính gây bệnh do xét 
nghiệm real-time PCR phát hiện được trình bày 
trong biểu đồ 4 cho thấy cao nhất là S. pneumoniae 
39% (12 ca), kế đó là H. influenzae 16% (5 ca) và 
P. aeruginosa 16% (5 ca), MRSA chiếm 13% (4 
ca), A. baumannii 7% (2 ca), K. pneumoniae 3% (1 
ca), E. faecium 3% (1 ca), và M. catarrhalis 3% (1 
ca). Kết quả real-time cũng cho thấy có 5 trường 
hợp ngoài tác nhân gây bệnh chính còn có tác nhân 
phối hợp, đó là 1 trường hợp tác nhân chính gây 
bệnh là M. catarrhalis với số copies 17M/ml có 
phối hợp với P. aeruginosa 143K/ml, 2 trường hợp 
S. pneumoniae với số định lượng 9.7M và 
17.3M/ml là tác nhân chính gây bệnh phối hợp với. 
H. influenzae 426K/ml và 246K/ml, 1 trường hợp 
H. influenzae 2.3M/ml phối hợp với A. baumannii 
24K/ml, và 1 trường hợp P. aeruginosa 403K phối 
hợp với A. baumannii 121K/ml. 
Các kết quả ghi nhận được đã cho thấy có 
multiplex realtime PCR có khả năng phát hiện các 
tác nhân vi sinh gây bệnh cao hơn nhiều lần so với 
phương pháp thường qui tại các phòng thí nghiệm. 
Mô hình để thực hiện giải pháp này được gọi là mô 
hình STREAMLINE REAL-TIME PCR do chúng 
tôi thiết kế với hai thiết bị cơ bản là: (1) thiết bị 
tách chiết DNA/RNA tự động sử dụng kit 
NKDNARNAPREP-MAGBEAD để tách chiết 
DNA/RNA bằng hạt từ bọc silica,12 và (2) thiết bị 
real-time PCR sử dụng các bộ kit bao gồm 
NKARIbac real-time PCR phát hiện các tác nhân 
vi khuẩn cộng đồng, NKARIatypicalbac real-time 
PCR phát hiện tác nhân vi khuẩn không điển hình, 
NKARIvirus real-time PCR phát hiện tác nhân 
virus, và NKHAPVAPbac real-time PCR phát 
hiện các tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi bệnh 
viện hay viêm phổi thở máy. Với mô hình này, kết 
quả có thể đến tay bác sĩ rất kịp thời để có thể sử 
dụng giải pháp kháng sinh trúng đích các tác nhân 
vi khuẩn gây bệnh rất kịp thời mà khỏi phải sử 
dụng kháng sinh bước đầu kinh nghiệm. 
KẾT LUẬN 
Phát hiện tác nhân gây viêm phổi hay các nhiễm 
trùng cấp tính đường hô hấp dưới là một thách thức 
đối với xét nghiệm vi sinh lâm sàng. Sử dụng các xét 
Bảng 1: Các trường hợp đơn tác nhân và đa tác nhân 
trong 52 các trường hợp xét nghiệm real-time PCR phát 
hiện các tác nhân gây viêm phổi thùy ở trẻ em 
Tác nhân Số ca % 
MP 21 40.38 
MP+MRSA 1 1.92 
PNE+MRSA 1 1.92 
PNE+MP 11 21.15 
PNE+MP+MR 1 1.92 
PNE+MP+HI+MR 1 1.92 
PNE+MP+HI 1 1.92 
PNE+HI+MR 2 3.85 
PNE+HI 3 5.77 
PNE 8 15.38 
TB 1 1.92 
TB+PNE+MP 1 1.92 
Tổng cộng 52 100.00 
PNE: S. pneumoniae, MP: M. pneumoniae, HI: H. influenzae, 
MR: M. catarrhalis, MRSA: Methicillin Resistant S. aueus, 
TB: M. tuberculosis 
CHUYÊN ĐỀ HÔ HẤP 
34 THỜI SỰ Y HỌC 03/2017 
nghiệm vi sinh truyền thống để cấy và phân lập các 
tác nhân vi khuẩn gây bệnh thường không đủ nhạy 
cảm do bệnh nhân đã được sử dụng kháng sinh trước 
hay do phòng thí nghiệm không trang bị đầy đủ môi 
trường để cấy phân lập được những vi khuẩn gây 
bệnh thường gặp nhưng không dễ nuôi cấy như S. 
pneumoniae, H. influenzaeNuôi cấy cũng có thể 
cho kết quả không đặc hiệu do bệnh phẩm đàm là 
bệnh phẩm tạp nhiễm và đa số thường không tin cậy 
nên vi khuẩn cấy phân lập được chưa hẳn là vi khuẩn 
gây bệnh. Không chỉ vậy, nuôi cấy thường qui cũng 
không thể nuôi cấy được các tác nhân vi khuẩn 
không điển hình như M. pneumoniae, C. 
pneumoniaecũng như các virus gây bệnh. Thử 
nghiệm miễn dịch như huyết thanh học hay hóa miễn 
dịch cũng có rất nhiều hạn chế khó có thể khắc phục 
được do độ nhạy và độ đặc hiệu không cao hay thậm 
chí kết quả cũng nhiều khi không hữu dụng lâm sàng 
vì có khi phải dựa vào huyết thanh kép lấy 2 lần cách 
nhau 10-14 ngày mới có thể biện luận được kết quả 
(trương hợp tìm kháng thể IgG đặc hiệu tác nhân gây 
bệnh). Chính vì vậy, cho dù hiện nay nuôi cấy vẫn 
được xem là chuẩn vàng trong chẩn đoán xác định 
tác nhân gây viêm phổi hay nhiễm trùng cấp đường 
hô hấp dưới không phải viêm phổi, tiếp cận chẩn 
đoán sử dụng kỹ thuật real-time PCR ngày càng 
được sử dụng rộng rãi. Chúng tôi cũng đã sử dụng 
tiếp cận này và đã áp dụng cho nhiều nghiên cứu đã 
trình bày ở trên với các kết quả cho thấy đây là một 
tiếp cận rất cần thiết để giúp bác sĩ lâm sàng sớm có 
liệu pháp điều trị trúng đích, tránh phải kéo dài điều 
trị kinh nghiệm mà nhiều khi không hiệu quả trên 
bệnh nhân. Giải pháp này hiện rất khả thi nếu sử 
dụng đúng mô hình STREAMLINE REAL-TIME 
PCR với các bộ kít mà chúng tôi đã thiết kế và đang 
áp dụng hiện nay. 
TÀI LIỆU THAM KHẢO 
1. Margret Schuller et al. (2010). PCR for Clinical Microbiology. 
Springer publisher. 
2. Phạm Hùng Vân. (2009). PCR và real-time PCR – Các vấn đề cơ 
bản và các áp dụng thường gặp. Nhà Xuất Bản Y Học. 
3. Kate E. T., Eric C. J. C. et al. (2005). Improved Diagnosis of the 
Etiology of Community-Acquired Pneumonia with Real-Time 
Polymerase Chain Reaction. Clin Infect Dis. 41:345-51 
4. Gadsby N. J., Templeton K. E. et al. (2015). Development of two 
real-time multiplex PCR assays for the detection and quantification 
of eight key bacterial pathogens in lower respiratory tract infections. 
Clin Microbiol Infect. 21:788.e1-788.e13 
5. Jan J. O., Marc J. M. B. et al. (2015). Impact of Rapid Detection of 
Viral and Atypical Bacterial Pathogens by Real-Time Polymerase 
Chain Reaction for Patients with Lower Respiratory Tract Infection. 
Clinical Infectious Diseases. 41:1438–44. 
6. Takahashi K., Yoshida L. M. et al. (2013). The incidence and 
aetiology of hospitalized community-acquired pneumonia among 
Vietnamese adults: a prospective surveillance in Central Vietnam. 
BMC Infectious Diseases. 13:296. 
7. Ronaldo B. M. J., Rita E. C. et al. (2014). Detection of respiratory 
viruses by real-time polymerase chain reaction in outpatients with 
acute respiratory infection. Mem Inst Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro. 
109(6):716-721. 
8. Christoph S., Theresia P. K. et al. (2002). Detection of respiratory 
viruses by real-time polymerase chain reaction in outpatients with 
acute respiratory infection. Journal of Clinical Microbiology. 
40(6):2051–2056 
9. Trần Thị Thanh Vy. (2014). Xác định tỷ lệ các tác nhân vi khuẩn 
không điển hình gây viêm phổi nhập viện tại Bệnh Viện Nguyễn Tri 
Phương trong thời gian từ tháng 11/2013 đến 06/2014. Luận Văn 
Thạc Sĩ Y Học. 
10. Bùi Lê Hữu Bích Vân. (2015). Tác nhân gây viêm phổi cộng đồng 
không đáp ứng với điều trị kháng sinh ban đầu ở trẻ dưới 5 tuổi tại 
Khoa Nội Tổng Quát 2 BV Nhi Đồng 1. Luận Văn Thạc Sĩ Y Học. 
11. Trần Quang Khải. (2016). Đặc điểm bệnh viêm phổi Thùy ở trẻ em 
tại khoa Nội Tổng Quát 2 bệnh viện Nhi Đồng 1. Luận văn tốt 
nghiệp thạc sĩ chuyên ngành nhi khoa 
12. Van Pham Hung et al. (2015). The solution for the low-income 
countries to establish the automatic extraction of the nucleic acid 
from the clinical samples. Asean Congress on Medical 
Biotechnology and Molecular Biosciences 2015. October 8th – 9th, 
2015 at Arnoma Grand Hotel, Bangkok, Thailand.