Đặc điểm phân tử gen FHBP của vi khuẩn Neisseria meningitidis lưu hành tại một số đơn vị quân đội khu vực miền Bắc Việt Nam từ 2008-2017
Viêm màng não mô cầu là một bệnh nguy hiểm trên
người, do vi khuẩn não mô cầu Neisseria meningitidis gây
ra, có khả năng lây lan nhanh thành dịch và thường để lại
hậu quả lâu dài thậm chí là tử vong. Nhóm có nguy cơ cao
là trẻ em dưới 5 tuổi và người trẻ tuổi từ 15 đến 24 tuổi,
trong đó N. meningitidis serotype B (NmB) là tác nhân
chính gây bệnh ở thanh niên. Các nghiên cứu gần đây chỉ ra
protein vỏ liên kết yếu tố H ở người fHbp của NmB là đích
vaccine tiềm năng. Trong nghiên cứu này, đặc điểm phân
tử gen fHbp của một số chủng N. meningitidis thu thập tại
các doanh trại quân đội ở miền Bắc Việt Nam được lần đầu
đánh giá. Kết quả cho thấy trình tự gen fHbp có mức độ
tương đồng khá cao giữa các chủng N. meningitidis, đa số
chủng mang allele 14 và 17 (tương ứng peptide 7 và 19,
nhóm đa hình 2/3 và 3). Tuy vậy cũng tìm thấy sự biến dị
di truyền nhất định giữa các chủng của Việt Nam và các
chủng trên thế giới, đặc biệt một số chủng mang biến dị
mới chưa được phân loại tại vùng mã hóa của gen fHbp.
Đây có thể là đại diện của một nhóm miễn dịch riêng cần
được quan tâm nghiên cứu sâu hơn ở Việt Nam
Tóm tắt nội dung tài liệu: Đặc điểm phân tử gen FHBP của vi khuẩn Neisseria meningitidis lưu hành tại một số đơn vị quân đội khu vực miền Bắc Việt Nam từ 2008-2017
SỐ 41 - Tháng 11+12/2017 Website: yhoccongdong.vn 63 V I N S C K H E C NG NG NGHIÊN CỨU KHOA HỌC TÓM TẮT Viêm màng não mô cầu là một bệnh nguy hiểm trên người, do vi khuẩn não mô cầu Neisseria meningitidis gây ra, có khả năng lây lan nhanh thành dịch và thường để lại hậu quả lâu dài thậm chí là tử vong. Nhóm có nguy cơ cao là trẻ em dưới 5 tuổi và người trẻ tuổi từ 15 đến 24 tuổi, trong đó N. meningitidis serotype B (NmB) là tác nhân chính gây bệnh ở thanh niên. Các nghiên cứu gần đây chỉ ra protein vỏ liên kết yếu tố H ở người fHbp của NmB là đích vaccine tiềm năng. Trong nghiên cứu này, đặc điểm phân tử gen fHbp của một số chủng N. meningitidis thu thập tại các doanh trại quân đội ở miền Bắc Việt Nam được lần đầu đánh giá. Kết quả cho thấy trình tự gen fHbp có mức độ tương đồng khá cao giữa các chủng N. meningitidis, đa số chủng mang allele 14 và 17 (tương ứng peptide 7 và 19, nhóm đa hình 2/3 và 3). Tuy vậy cũng tìm thấy sự biến dị di truyền nhất định giữa các chủng của Việt Nam và các chủng trên thế giới, đặc biệt một số chủng mang biến dị mới chưa được phân loại tại vùng mã hóa của gen fHbp. Đây có thể là đại diện của một nhóm miễn dịch riêng cần được quan tâm nghiên cứu sâu hơn ở Việt Nam. Từ khóa: Não mô cầu, nhóm huyết thanh, gen fHbp. ABSTRACT: MOLECULAR CHARACTERISTIC OFF HBP GENE FROM NEISSERIA MENINGITIDIS CAUSING BACTERIAL MENINGITIS AT SOME MILITARY UNITS IN NORTHERN VIETNAM, 2008-2017 Bacterial meningitis is a dangerous human disease caused by meningococcal bacteria Neisseria meningitidis. It can quickly spread into an epidemic and leaves serious permanent sequaele, if not fatal. The highest-risk groups for bacterial meningitis are children under five years old and adolescents between 15 and 24 years of age. Among all serotypes, N. meningitidis B (MnB) is the most common cause for bacterial meningitis in adolescents. Recent studies have identified factor H binding protein (fHbp) as a potential vaccine candidate for MnB. In this study, fHbp gene from N. meningitidis strains collected from various military units in Northern Vietnam was characterized for the first time. Our results showed that there was a high level of homology among the studied fHbp genes, with most bacterial strains carried allele 14 or 17 (equivalent to peptide 7 and 19, or immunological family variant 2/3 and 3, respectively). However, we also discovered some new fHbp sequence variants that have not been annotated. Those can be the representatives for a new immunological group of N. meningitidis from Vietnam that need to be further elucidated. Keywords: Neisseria meningitidis, serogroup, fHbp gen. I. ĐẶT VẤN ĐỀ Vi khuẩn não mô cầu Neisseria meningitidis là nguyên nhân chính gây bệnh viêm màng não mô cầu ở trẻ em và thanh niên, gây tỷ lệ tử vong cao hoặc để lại di chứng lâu dài khi không được chẩn đoán và điều trị kịp thời [1]. Tỷ lệ mang vi khuẩn não mô cầu khác biệt tùy từng độ tuổi và vùng địa lý, nhưng có xu hướng chung là tăng cao ở các nhóm cộng đồng sinh hoạt tập trung như ký túc xá, doanh trại quân đội [2]. Trên toàn thế giới, 6 type huyết thanh gây bệnh chủ yếu của N. meningitidis là A, B, C, W, X và Y, trong đó N. meningitidis B (NmB) là tác nhân gây bệnh chủ yếu ở thanh niên [3,4]. Hiện nay, vaccine được sử dụng rộng rãi tại nhiều quốc gia trong chiến lược phòng tránh viêm màng não là vaccine cộng hợp vỏ polysaccharide, tuy rất thành công trong việc khống chế dịch do NmA, NmC, NmY và NmW gây ra, lại đạt kết quả rất hạn chế với NmB [5]. ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ GEN FHBP CỦA VI KHUẨN NEISSERIA MENINGITIDIS LƯU HÀNH TẠI MỘT SỐ ĐƠN VỊ QUÂN ĐỘI KHU VỰC MIỀN BẮC VIỆT NAM TỪ 2008 -2017 Lê Thu Trang1, Trần Xuân Thạch1, Triệu Phi Long2, Trần Văn Lực3, Nguyễn Thị Hoa1, Nguyễn Thị Giang An3, Đồng Văn Quyền1, Nguyễn Minh Hường1 Ngày nhận bài: 01/09/2017 Ngày phản biện: 07/09/2017 Ngày duyệt đăng: 12/09/2017 1. Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm khoa học và công nghệ Việt Nam. Tác giả liên hệ: [email protected] 2. Viện Y học dự phòng quân đội 3. Trường Đại học Vinh SỐ 41 - Tháng 11+12/2017 Website: yhoccongdong.vn64 2017JOURNAL OF COMMUNITY MEDICINE Trong vài năm trở lại đây, các nghiên cứu tìm kiếm những protein biểu hiện trên bề mặt vỏ NmB có khả năng trở thành đích phát triển vaccine đặc hiệu cho NmB chỉ ra protein liên kết yếu tố H ở người fHbp (Human factor H binding protein) có thể là ứng cử viên tiềm năng, nhờ tỷ lệ biểu hiện rộng rãi ở > 97% chủng NmB hiện đang lưu hành [6]. Về mặt miễn dịch, fHbp có thể được phân ra làm hai phân họ lớn, A và B, hoặc 3 nhóm đa hình chính, 1, 2 và 3. Phân họ A và nhóm đa hình 2 và 3 thể hiện tính miễn dịch chéo, nhưng hoàn toàn không tương tác miễn dịch với nhóm đa hình 1 và phân họ B [6,7]. Một số công ty dược lớn trên thế giới đã và đang nghiên cứu vaccine cộng hợp sử dụng vùng epitope đặc trưng của một số nhóm và phân họ của fHbp, chẳng hạn Trumenba (fHbp phân họ A và B) hay 4CMenB (Bexsero, fHbp phân họ B). Ngân hàng dữ liệu PubMLST (https://pubmlst.org/ neisseria/) chứa dữ liệu kiểu gen và đa dạng hệ gen của hơn 43300 chủng Neisseria spp. trên khắp thế giới cho phép so sánh đối chiếu trình tự, định danh và tham khảo chéo giữa các hệ thống phân loại, định danh các gen, allele và nhóm đa hình đã biết của N. meningitidis . Tại Việt Nam vaccine phòng viêm não mô cầu NmB hiện đều nhập từ nước ngoài, trong đó phổ biến là vaccine vỏ polysaccharide VA-MENGOC-BC (CuBa) và gần đây có 4CMenB (Bexsero, Norvatis), do đó có thể sẽ không có sự tương thích kháng nguyên cao với các chủng vi khuẩn đang lưu hành trong nước và làm giảm hiệu quả phòng bệnh của vaccine. Hiện chưa có nghiên cứu nào đánh giá mức độ đa hình di truyền cũng như đặc điểm phân tử của gen fHbp của các chủng N. meningitidis tại Việt Nam. Trong bài báo này chúng tôi trình bày kết quả giải trình tự nucleotide và phân tích đặc điểm di truyền cũng như quan hệ tiến hóa của gen fHbp của một số chủng N. meningitidis phân lập được trong giai đoạn 2009 - 2017 tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam. Những nghiên cứu về đặc điểm di truyền của gen fHbp sẽ là kết quả quan trọng giúp định hướng và đánh giá các chiến lược phát triển vaccine NmB tại Việt Nam trong tương lai. II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 2.1. Nuôi cấy và phân lập N. meningitidis từ mẫu bệnh phẩm Mẫu bệnh phẩm là dịch nhầy họng hoặc dịch não tủy được thu tại các doanh trại quân đội trên một số tỉnh miền Bắc Việt Nam, cụ thể là Bắc Giang, Thái Nguyên, Vĩnh Phúc, Hà Nội và Hải Phòng, từ năm 2009 đến 2017 (Bảng 1). Phương pháp lấy, bảo quản, xử lý mẫu bệnh phẩm và thu thập số liệu lâm sàng được thực hiện theo các chuẩn thường quy. Vi khuẩn N. meningitidis được phân lập trên môi trường thạch máu 5%, ủ qua đêm ở 37°C có bổ sung 5% CO2 và > 50% độ ẩm. Chủng thuần sau phân lập được định danh trên máy Vitek 2 Compact (bioMerieux, Pháp) bằng phương pháp hóa sinh tiêu chuẩn. 2.2. Tách chiết DNA tổng số vi khuẩn N. meningitidis Mẫu vi khuẩn được giữ trong NaCl 0.9%, bổ sung thêm đệm chiết (4% SDS, 10 mM EDTA, 10 µl Proteinase K) và trộn đều bằng máy vortex. Hỗn hợp mẫu được ủ ở 600C trong 2 tiếng, chiết hai lần với Phenol: Chloroform: Isoamyl Alcohol (25:24:1) và một lần với Chloroform: Isoamyl Alcohol (24:1) theo tỷ lệ 1:1. DNA tổng số sau đó được tủa qua đêm với isopropanol, tỉ lệ tương đương. Tủa DNA được rửa hai lần với ethanol lạnh 70% sau đó ly tâm trong điều kiện chân không với máy miVac trong 3 phút để loại hết ethanol. DNA tổng số sau đó được hòa lại vào đệm TE và bảo quản ở -200C. 2.3. Định danh và xác định type huyết thanh của các chủng N. meningitidis bằng phương pháp PCR Kết quả định danh trên máy Vitek 2 Compact được khẳng định lại bằng phương pháp PCR sử dụng hai cặp mồi đặc hiệu loài cho N. meningitidis là ctrA [8] và sodC [9] theo quy trình gợi ý của Trung tâm Kiểm soát và Phòng chống bệnh (CDC, Mỹ). Type huyết thanh của các chủng N. meningitidis đã phân lập được xác định bằng phương pháp PCR sử dụng hai cặp mồi đặc hiệu allele synD và synE [10]. 2.4. Khuếch đại và giải trình tự gen porA và fHbp của các chủng N. meningitidis phân lập được Trình tự các cặp mồi đặc hiệu và quy trình PCR dùng để khuếch đại toàn bộ vùng mã hóa protein của gen fHbp (895 bp) được tham khảo theo tài liệu hướng dẫn của Trung tâm Kiểm soát và Phòng chống bệnh (CDC, Mỹ) [11] với một số chỉnh sửa. Phản ứng PCR được tiến hành ở thể tích 25 µl sử dụng DreamTaq Master mix (Thermo Scientific); 50 ng DNA khuôn; 20 pmol mồi xuôi CDC3UNI và 30 pmol mồi ngược CDC5UNI. Phản ứng PCR được thực hiện theo phương pháp touchdown, cụ thể 950C trong 5 phút; 30 chu kì: 940C trong 1 phút, 650C trong 1 phút (sau mỗi chu kì giảm 0,50C), 720C trong 1 phút; 15 chu kì: 940C trong 1 phút, 500C trong 1 phút, 720C trong 1 phút; cuối cùng 720C trong 2 phút và giữ máy ở 40C sau khi kết thúc chu trình. Sản phẩm PCR được điện di kiểm tra trên agarose gel 1% trước khi tinh sạch và gửi giải trình tự hai chiều sử dụng cặp mồi CDC3UNI/CDC5UNI tại Hàn Quốc (Macrogen). 2.5. Xử lý số liệu Trình tự các chuỗi nucleotide được phân tích bằng phần mềm Chromas (Technelysium, Úc). So sánh đối chiếu giữa các trình tự nucleotide trong nghiên cứu này với các trình tự nucleotide từ ngân hàng gen được thực hiện bằng phần mềm BioEdit v7.2.6.1. Quan hệ nguồn gốc phát sinh chủng SỐ 41 - Tháng 11+12/2017 Website: yhoccongdong.vn 65 V I N S C K H E C NG NG NGHIÊN CỨU KHOA HỌC loại của các mẫu được phân tích bằng phần mềm MEGA7 [12], theo phương pháp tối đa tương đồng (maximum likelihood) với mức tin cậy bootstrap 1000. III. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 3.1. Kết quả định type huyết thanh của các chủng N. meningitidis phân lập được ở miền Bắc Việt Nam Kết quả định type huyết thanh của 19 mẫu N. meningitidis trong nghiên cứu này cho thấy trong những năm gần đây, ở đối tượng thanh niên 19 – 25 tuổi, type huyết thanh lưu hành phổ biến ở miền Bắc Việt Nam là type B, chiếm 73,7% (14/19) tổng số mẫu thu được trong nghiên cứu này (Bảng 1). Serogroup còn lại là nhóm C, chiếm 26,3% (5/19) tổng số mẫu thu được. Trong số 19 mẫu thu được trong nghiên cứu này, không thấy xuất hiện serogroup A, W, X và Y. Kết quả thu được phù hợp với các công bố gần đây tại Mỹ [6], Châu Âu [13] và Úc[14], theo đó NmB là type huyết thanh gây bệnh chủ yếu trong nhóm các chủng N. neisseria gây bệnh ở thanh thiếu niên đang lưu hành tại các khu vực này. a, b, c: Kết quả định danh đối chiếu trình tự DNA theo hệ phân loại allele, trình tự protein theo hệ phân loại peptide và nhóm đa hình Norvatis tại ngân hàng dữ liệu PubMLST (Oxford, Vương quốc Anh) x: trình tự mới chưa được định danh allele Bảng 1. Danh sách các chủng N. meningitidis cung cấp trình tự gen fHbp cho phân tích quan hệ di truyền và nguồn gốc xuất xứ trong nghiên cứu này Ký hiệu mẫu Địa điểm thu mẫu Năm phân lập Serogroup fHbp Allelea Peptideb Nhóm đa hình Novartisc Ngọc Vĩnh Phúc 2009 B x x x 1237C Hải Phòng 2012 C 17 19 2/3 37C Hải Phòng 2012 B 17 19 2/3 40C Hải Phòng 2012 C 17 19 2/3 14156 Hà Nội 2014 B/C 17 19 2/3 14155 Hà Nội 2014 C 17 19 2/3 14072 Bắc Giang 2014 B x x x 14075 Bắc Giang 2014 B x x x 14089 Bắc Giang 2014 B x x x 14196 Thái Nguyên 2014 B 14 7 3 14157 Hà Nội 2014 C 17 19 2/3 1513 Hà Nội 2015 B x x x 1532 Hà Nội 2015 B x x x 16406 Hà Nội 2016 B x x x 16408 Hà Nội 2016 B x x x 16416 Hà Nội 2016 B x x x 17084 Hà Nội 2017 B 14 7 3 17088 Hà Nội 2017 B 14 7 3 17090 Hà Nội 2017 B 14 7 3 SỐ 41 - Tháng 11+12/2017 Website: yhoccongdong.vn66 2017JOURNAL OF COMMUNITY MEDICINE 3.2. Phân tích trình tự gen fHbp của các chủng N. meningitidis Các trình tự nucleotide của vùng mã hóa gen fHbp từ 19 chủng N. meningitidis thu được từ kết quả lắp ráp hai chiều giải trình tự sử dụng cặp mồi CDC3UNI/CDC5UNI trong nghiên cứu này được sử dụng để truy cập vào ngân hàng dữ liệu kiểu gen của Neisseria spp. (https://pubmlst. org/neisseria/). Kết quả định danh trình tự nucleotide, cũng như trình tự axit amin suy diễn của vùng mã hóa gen fHbp từ 19 chủng N. meningitidis được trình bày như trong Bảng 1. Theo đó, đa số vi khuẩn não mô cầu đang lưu hành ở miền Bắc Việt Nam thu được trong nghiên cứu này mang allele 17 (6/19 mẫu, 31,6%), tiếp đó là allele 14 (4/19 mẫu, 21,1%) của locus fHbp. 9/19 mẫu thu được còn lại (47,3%) mang biến dị di truyền mới, chưa được định danh. Kết quả đối chiếu trình tự axit amin suy diễn cũng cho thấy đa số vi khuẩn não mô cầu hiện đang lưu hành ở miền Bắc Việt Nam biểu hiện nhóm đa hình 2/3 hoặc 3 (lần lượt là peptide 19 hoặc 7) của protein fHbp. Đây là những trình tự đã được chỉ ra có đáp ứng miễn dịch với vaccine 4CMenB (Bexsero) của Norvatis hiện đã được FDA cấp phép ở Mỹ. 47,3% số mẫu thu được còn lại (9/19 mẫu) mang biến dị mới chưa được định danh. Phân tích so sánh trình tự chuỗi axit amin suy diễn của các chủng Việt Nam với các đoạn peptide từ ngân hàng dữ liệu PubMLST được trình bày như ở Hình 1. Hình 1. So sánh trình tự axit amin của protein fHbp của các chủng N. meningitidis lưu hành tại miền Bắc Việt Nam với các trình tự fHbp truy cập từ ngân hàng dữ liệu PubMLST kiểu gen của Neisseria spp. (19: Peptide 19, P19: PEPTIDEfragment Pasteur 19, P7: PEPTIDEfragment Pasteur 7) SỐ 41 - Tháng 11+12/2017 Website: yhoccongdong.vn 67 V I N S C K H E C NG NG NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Hình 2. Đa hình di truyền và quan hệ phát sinh chủng loại giữa các chủng N. meningitidis ở miền Bắc Việt Nam với các phân họ miễn dịch theo thành phần axit amin của protein fHbp phân tích bằng phần mềm MEGA7, theo phương pháp tối đa tương đồng. Đơn vị chiều dài các nhánh là số axit amin sai khác trên tổng số axit amin so sánh. 3.3. Mối quan hệ di truyền phát sinh chủng loại của các chủng N. meningitidis tại miền Bắc Việt Nam Mối quan hệ di truyền của các chủng N. meningitidis tại miền Bắc Việt Nam được đánh giá dựa trên trình tự mã hóa protein của gen fHbp, sử dụng phương pháp tối đa tương đồng của phần mềm MEGA7 với hệ số tin cậy bootstrap 1000, được trình bày ở Hình 3. Theo đó, tổng quan có thể thấy các chủng não mô cầu ở miền Bắc Việt Nam trong nghiên cứu này phân thành hai nhóm rõ rệt, Nhóm 1 gồm các chủng 16406, 16408 và 17088. Nhóm Sử dụng phần mềm MEGA7, bằng phương pháp tối đa tương đồng với hệ số tin cậy bootstrap 1000, kết quả đa hình di truyền và quan hệ phát sinh của các chủng N. meningitidis tại miền Bắc Việt Nam dựa vào trình tự axit amin của protein fHbp với các trình tự peptide đại diện các phân họ miễn dịch của fHbp trên thế giới được trình bày như ở Hình 2. Có thể thấy rõ các chủng N. meningitidis ở miền Bắc Việt Nam phân thành 4 nhóm đa hình di truyền rõ rệt, với 4 mẫu Ngọc, 16406, 16408, 16416 tập trung thành một nhánh riêng khác biệt rõ rệt (Nhóm 1) với các chủng còn lại của Việt Nam, cũng như các chuỗi peptide đã biết của protein fHbp tại ngân hàng dữ liệu PubMLST. Các mẫu còn lại của Việt Nam phân thành 3 nhóm nhỏ, trong đó Nhóm 2 (gồm các chủng 37C, 40C, 1237C, 14155, 14156, 14157) thể hiện mức độ tương đồng 100% với đoạn peptide Pasteur 19, thuộc nhóm đa hình 2/3, của protein fHbp. Tất cả các chủng thuộc serotype C thu được trong nghiên cứu này đều thuộc nhóm nói trên. Nhóm 4 (gồm các chủng 14196, 17084, 17088, 17090) tập trung xung quanh đoạn peptide Pasteur 7, thuộc nhóm đa hình 3, của protein fHbp, mức độ tương đồng 100%. Các chủng 1513, 1532, 14072, 14075 và 14089 tập trung thành một nhóm riêng, Nhóm 3, có quan hệ di truyền gần với đoạn peptide Pasteur 7. Trong nhóm, riêng chủng 14072 thể hiện biến dị di truyền so với các chủng còn lại. Có thể thấy trình tự các chuỗi axit amin của protein fHbp từ các chủng N. meningitidis ở miền Bắc Việt Nam tập trung thành 4 nhóm rõ rệt, tuy vậy mức độ biến dị di truyền giữa các nhóm là không quá lớn. SỐ 41 - Tháng 11+12/2017 Website: yhoccongdong.vn68 2017JOURNAL OF COMMUNITY MEDICINE IV. KẾT LUẬN GenfHbp là một trong số ít các gen mã hóa cho các protein bề mặt quyết định tính kháng nguyên vỏ của vi khuẩn N. meningitidis serotype B (NmB) hiện đang được nghiên cứu như là đích vaccine tiềm năng. Kết quả nghiên cứu đặc điểm gen fHbp của 19 chủng vi khuẩn N. meningitidis thu tại một số doanh trại quân đội ở miền Bắc Việt Nam cho thấy các chủng N. meningitidis hiện đang lưu hành tại miền Bắc Việt Nam thể hiện tính đồng nhất khá cao về mặt di truyền. Về đặc tính miễn dịch, tất cả các chủng serotype C thuộc nhóm đa hình 2/3 của protein fHbp, trong khi đó không có chủng nào thuộc serotype B thuộc phân nhóm miễn dịch này. Serotype B thể hiện mức độ đa dạng di truyền cao hơn, phân bố thành 3 cụm, trong đó 1 cụm thuộc nhóm đa hình 3 của protein fHbp và 1 cụm có mức biến dị di truyền gần gũi với phân nhóm miễn dịch này. Đáng chú ý là 3 chủng NmB 16406, 16408 và 16416 phân lập tại Hà Nội trong năm 2016 thể hiện đặc điểm di truyền riêng, cụm thành một nhóm với chủng NmB Ngọc phân lập tại Vĩnh Phúc năm 2009, phân biệt hẳn với các chủng còn lại, không nằm trong các phân họ hoặc các nhóm đa hình miễn dịch đã biết của protein fHbp. Đây có thể là đại diện của một nhóm miễn dịch riêng cần được quan tâm nghiên cứu sâu hơn ở Việt Nam. 2 có thể chia thành 2 phân nhóm nhỏ, một nhánh gồm 2 chủng 14155 và 14157, còn lại là phân nhóm lớn Nhóm 3, chia thành các phân nhánh nhỏ. Độ dài các nhánh của cây phát sinh chủng loại được dựng theo tỷ lệ, đơn vị là mỗi sai khác nucleotide ở một vị trí. Một cách trực quan, có thể nhận định ngoài sự sai khác rõ rệt giữa các nhóm, các chủng trong từng nhóm thể hiện mức độ đồng nhất di truyền tương đối cao. Hình 3. Quan hệ di truyền phát sinh chủng loại giữa các chủng N. meningitidis theo thành phần nucleotide của gen fHbp phân tích bằng phần mềm MEGA7, theo phương pháp tối đa tương đồng. Đơn vị chiều dài các nhánh là số sai khác nucleotide trên tổng số nucleotide so sánh SỐ 41 - Tháng 11+12/2017 Website: yhoccongdong.vn 69 V I N S C K H E C NG NG NGHIÊN CỨU KHOA HỌC 1. Read RC. Neisseria meningitidis; clones, carriage, and disease. Clin Microbiol Infect. 2014;20:391–395 2. Mariagrazia Pizza, Rino Rappuoli. Neisseria meningitidis: pathogenesis and immunity. Current Opinion in Microbiology.2015; 23: 68-72 3. Rosenstein NE, Perkins BA, Stephens DS, et al. Meningococcal disease. N Engl J Med. 2001;344:1378–1388 4. Soeters HM, McNamara LA, Whaley M, et al. Serogroup B meningococcal disease outbreak and carriage evaluation at a college – Rhode Island, 2015. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2015;64:606–607 5. Ashesh Gandhi, Paul Balmer & Laura J. York. Characteristics of a newmeningococcal serogroup B vaccine, bivalent rLP2086 (MenB-FHbp; Trumenba®). Postgraduate Medicine. 2016; 128:6, 548-556 6. Fletcher LD, Bernfield L, Barniak V, et al. Vaccine potential of the Neisseria meningitidis 2086 lipoprotein. Infect Immun. 2004;72:2088–2100 7. Masignani V, Comanducci M, Giuliani MM, et al. Vaccination against Neisseria meningitidis using three variants of the lipoprotein GNA1870. J Exp Med. 2003;197:789–799 8. Mothershed, E. A., C. T. Sacchi, A. M. Whitney, G. A. Barnett, G. W. Ajello, S.Schmink, L. W. Mayer, M. Phelan, T. H. Taylor, Jr., S. A. Bernhardt, N. E.Rosenstein, and T. Popovic. 2004. Use of real-time PCR to resolve slide agglutinationdiscrepancies in serogroup identification of Neisseria meningitidis. Journal of Clinical Microbiology. 2004. 42:320-328 9. Dolan Thomas, J., C.P. Hatcher, D.A. Satterfield, M.J. Theodore, M.C. Bach, K.B.Linscott, X. Zhao, X. Wang, R. Mair, S. Schmink, K.E. Arnold, D.S. Stephens, L.H.Harrison, R.A. Hollick, A.L. Andrade, J. Lamaro-Cardoso, A.P.S. de Lemos, J.Gritzfeld, S. Gordon, A. Soysal, M. Bakir, D. Sharma, S. Jain, S.W. Satola, N.E.Messonnier, and L.W. Mayer. sodC-Based Real-Time PCR for Detection of Neisseria meningitidis. PLoS One. 2001; 6:e19361 10. Borrow, R., H. Claus, M. Guiver, L. Smart, D. M. Jones, E. B. Kaczmarski, M. Frosch, and A. J. Fox. Non- culture diagnosis and serogroup determination of meningococcal B and C intection by a sialyltransferase (siaD) PCR ELISA. Epidemiology and Infection. 1997. 118:111-117 11. Center for Disease Control. “Laboratory Methods for the Diagnosis of Meningitis Caused by Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, and Haemophilus influenza”. 1998. p. 20. 12. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Kumar S, Stecher G, and Tamura K (2016) Molecular Biology and Evolution 33:1870-1874 13. European Centre for Disease Prevention and Control. Surveillance of invasive bacterial diseases in Europe. 2011 14. M.M. Lahra, R.P. Enriquez. Australian Meningococcal Surveillance Programme annual report, 2013.Commun Dis Intell Q Rep. 2014. 38, E301-E308 TÀI LIỆU THAM KHẢO
File đính kèm:
dac_diem_phan_tu_gen_fhbp_cua_vi_khuan_neisseria_meningitidi.pdf

