Chuyển gen cải biến gdhA có nguồn gốc Escherichia coli vào cây thuốc lá Nicotiana tabacum
TÓM TẮT
Gen gdhA mã hoá cho NAPH-GDH từ vi khuẩn E. coli khi biểu hiện trong cây thuốc lá đã làm
tăng cường khả năng chống chịu thuốc bảo vệ thực vật, tăng sinh khối thực vật và tăng khả năng
chịu hạn. Khi biểu hiện gen gdhA ở cây ngô giúp tăng năng suất nhờ cải thiện khả năng chịu
đựng hạn của cây. Với mục đích có nguồn gen giá trị này, chúng tôi tiến hành phân lập gen gdhA
từ chủng vi khuẩn E. coli JM109, tạo dòng và xác định trình tự gen gdhA để tìm sự khác biệt về
gen trong chủng hiện có. Đồng thời, chúng tôi thực hiện cải biến trình tự gen gdhA bằng phần
mềm OptimumGeneTM cho phù hợp với thực vật. Gen gdhA sau khi cải biến được ghép nối với
promoter CaMV 35S và 35S terminator trong vector trung gian pRTRA 7/3 để tạo cấu trúc biểu
hiện 35S::gdhA::35S. Cấu trúc này đã được chuyển vào vector pCAMBIA1300 tạo nên vector
biểu hiện thực vật mang gen gdhA và biến nạp vector vào tế bào vi khuẩn A. tumefaciens chủng
EHA105. Để kiểm tra sự biểu hiện của gen gdhA chúng tôi tiến hành chuyển cấu trúc biểu hiện
gen gdhA vào cây mô hình thuốc lá N. tabacum K326 thông qua A. tumefaciens. Phân tích sự có
mặt của gen trong 20 dòng cây thuốc lá chuyển gen bằng PCR và RT-PCR cho thấy 2 trong số 20
dòng thuốc lá chuyển gen có mang gen gdhA hoạt động ở mức độ phiên mã tạo mRNA. Sự biểu
hiện của cấu trúc này ở cây thuốc lá cho thấy có thể sử dụng cấu trúc mang gen để chuyển gen
gdhA vào cây trồng đích như cây ngô.
Từ khoá: E. coli, cải biến gen, cây thuốc lá, chuyển gen, gen gdhA.
Tóm tắt nội dung tài liệu: Chuyển gen cải biến gdhA có nguồn gốc Escherichia coli vào cây thuốc lá Nicotiana tabacum
TAP CHI SINH HOC 2019, 41(1): 69–82 DOI: 10.15625/0866-7160/v41n1.10588 69 TRANSFORMATION OF Escherichia coli MODIFIED gdhA GENE INTO Nicotiana tabacum Pham Thi Hang 1 , Nguyen Thuy Linh 1 , Le Bac Viet 1 , Nguyen Thi Kim Lien 1 , Le Thi Thu Hien 1,2 , Huynh Thi Thu Hue 1,2,* 1 Institute of Genome Research, VAST, Vietnam 2 Graduate University of Science and Technology, VAST, Vietnam Received 3 August 2017, accepted 3 March 2019 ABSTRACT The gdhA gene from Escherichia coli encoding a NADPH-GDH was expressed in tobacco plants exhibited high growth performance and enhanced herbicide resistance as well as drought tolerance. In addition, the gdhA gene when expressed in maize plants could increase productivity because of improving stress tolerance. In this study, we isolated and analyzed a gdhA gene from the E. coli strain JM109. Then, the E. coli derived-gdhA sequence was modified by using OptimumGene™ software for plant compatibility. The optimized gdhA gene was inserted into an expression cassette containing the CaMV 35S promoter and the 35S terminator of the pRTRA7/3 vector. The 35S::gdhA::35S construct was ligated into the plant expression plasmid pCAMBIA1300 which then introduced into the A. tumefaciens strain EHA105. In order to examine the expression of the gdhA gene, we created gdhA-transgenic plants via Agrobacterium-mediated transformation into N. tabacum K326. The PCR analysis showed that two out of 20 plants were positive to the presence of the gdhA gene. The RT-PCR experiment also revealed that gdhA was expressed at transcriptional level. These results suggested that the gdhA expression construction can be transformed into other crops such as maize. Keywords: E. coli, genetic modification, genetic transformation, gdhA gene, tobacco. Citation: Pham Thi Hang, Nguyen Thuy Linh, Le Bac Viet, Nguyen Thi Kim Lien, Le Thi Thu Hien, Huynh Thi Thu Hue, 2019. Transformation of Escherichia coli modified gdhA gene into Nicotiana tabacum, 41(1): 69–82. https://doi.org/10.15625/0866-7160/v41n1.10588. *Corresponding author email: hthue@igr.ac.vn ©2019 Vietnam Academy of Science and Technology (VAST) TAP CHI SINH HOC 2019, 41(1): 69–82 DOI: 10.15625/0866-7160/v41n1.10588 70 CHUYỂN GEN CẢI BIẾN gdhA CÓ NGUỒN GỐC Escherichia coli VÀO CÂY THUỐC LÁ Nicotiana tabacum Phạm Thị Hằng1, Nguyễn Thùy Linh1, Lê Bắc Việt1, Nguyễn Thị Kim Liên1, Lê Thị Thu Hiền1,2, Huỳnh Thị Thu Huệ1,2,* 1 Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Việt Nam 2 Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Việt Nam Ngày nhận bài 3-8-2017, ngày chấp nhận 3-3-2019 TÓM TẮT Gen gdhA mã hoá cho NAPH-GDH từ vi khuẩn E. coli khi biểu hiện trong cây thuốc lá đã làm tăng cường khả năng chống chịu thuốc bảo vệ thực vật, tăng sinh khối thực vật và tăng khả năng chịu hạn. Khi biểu hiện gen gdhA ở cây ngô giúp tăng năng suất nhờ cải thiện khả năng chịu đựng hạn của cây. Với mục đích có nguồn gen giá trị này, chúng tôi tiến hành phân lập gen gdhA từ chủng vi khuẩn E. coli JM109, tạo dòng và xác định trình tự gen gdhA để tìm sự khác biệt về gen trong chủng hiện có. Đồng thời, chúng tôi thực hiện cải biến trình tự gen gdhA bằng phần mềm OptimumGeneTM cho phù hợp với thực vật. Gen gdhA sau khi cải biến được ghép nối với promoter CaMV 35S và 35S terminator trong vector trung gian pRTRA 7/3 để tạo cấu trúc biểu hiện 35S::gdhA::35S. Cấu trúc này đã được chuyển vào vector pCAMBIA1300 tạo nên vector biểu hiện thực vật mang gen gdhA và biến nạp vector vào tế bào vi khuẩn A. tumefaciens chủng EHA105. Để kiểm tra sự biểu hiện của gen gdhA chúng tôi tiến hành chuyển cấu trúc biểu hiện gen gdhA vào cây mô hình thuốc lá N. tabacum K326 thông qua A. tumefaciens. Phân tích sự có mặt của gen trong 20 dòng cây thuốc lá chuyển gen bằng PCR và RT-PCR cho thấy 2 trong số 20 dòng thuốc lá chuyển gen có mang gen gdhA hoạt động ở mức độ phiên mã tạo mRNA. Sự biểu hiện của cấu trúc này ở cây thuốc lá cho thấy có thể sử dụng cấu trúc mang gen để chuyển gen gdhA vào cây trồng đích như cây ngô. Từ khoá: E. coli, cải biến gen, cây thuốc lá, chuyển gen, gen gdhA. *Địa chỉ liên hệ email: hthue@igr.ac.vn MỞ ĐẦU Khô hạn là một nguyên nhân quan trọng làm giảm năng suất và chất lượng sản phẩm của cây trồng. Khi môi trường khô hạn, cây bị stress mất nước dẫn đến nhiều hậu quả nghiêm trọng (Abdullah et al., 2011; Belkheiri & Mulas, 2013). Vì vậy, để sống sót trong điều kiện hạn hán, thực vật đã hình thành nên nhiều cơ chế chống chịu. Trong phản ứng với sự thiếu nước, thực vật tích luỹ một số chất chuyển hoá như đường (trehalose, sorbitol và mannitol), amino axit (proline và asparagine) và amin (glycine betain và polyamines). Trong số này, việc tích lũy amino acid tự do dường như có vai trò quan trọng trong việc bảo vệ thực vật (Good & Zaplachinski, 1994; Rhodeset et al., 1999), nhưng sự tích lũy amino acid được điều chỉnh như thế nào khi thâm hụt nước vẫn chưa được nghiên cứu làm rõ. Glutamate đóng một vai trò quan trọng trong việc điều chỉnh hoạt động của nhiều con đường, đặc biệt là quá trình trao đổi amino acid (Forde & Lea, 2007), sự trao đổi chất cacbon (Lam et al., 1998), chuyển hóa amino acid (Noctor et al., 2002) và đồng hoá nitrate (Stitt et al., 2002). Glutamate dehydrogenase từ vi khuẩn (GDH, E.C. 1.4.1.1) và thực vật Chuyển gen cải biến gdhA có nguồn gốc E. coli 71 (E.C. 1.4.1.2) xúc tác cho phản ứng thuận nghịch. Với quá trình đồng hoá, GDH là một trong số ít các enzyme có khả năng amin hóa khử của một axit hữu cơ để tạo ra một amino acid; α-ketoglutarate được sử dụng để sản xuất glutamate với sự hiện diện của NAD(P)H (Wooton, 1983). Đối với quá trình dị hóa, GDH là một enzyme có khả năng giải phóng amino nitơ từ các amino acid để tạo ra axit keto và NH3 có thể được tái chế riêng để sử dụng trong quá trình chuyển hóa cacbon và sự hình thành amide, đặc biệt là trong quá trình già hoá (Aubert et al., 2001; Loulakakis et al., 2002). GDH có thể tham gia tổng hợp glutamate để cung cấp khung carbon cho chu trình TCA và sản xuất năng lượng khi thiếu hụt carbon (Dubois et al., 2005; Kichey et al., 2005; Tercé‐Laforgue et al., 2004). Ở vi khuẩn, ammoni được đồng hóa thành amino acid dựa trên glutamate và aminotransferases. Ở thực vật, nghiên cứu đã cho thấy GDH được cảm ứng tăng cường biểu hiện khi lượng gốc tự do tăng lên bởi những stress vô sinh (Skopelitis et al., 2006). Như vậy, giữa thực vật và vi khuẩn có những điểm tương đồng đáng chú ý trong hệ gen. Nhiều gen ở vi khuẩn liên quan đến khả năng chống chịu các điều kiện môi trường stress khác nhau đã được xác định. Sự biểu hiện của các protein vi khuẩn liên quan này được biểu hiện ở thực vật đã trực tiếp hoặc gián tiếp bảo vệ cây chống lại các stress của môi trường như khô hạn, mặn, nhiệt độ thấp. Thực vật chuyển gen GDHs của vi khuẩn đã được cải thiện đáng kể tính chống chịu với chất bảo vệ thực vật, và trong điều kiện thiếu nước. Các nghiên cứu trước đây cho thấy, gen gdhA mã hoá cho NAPH-GDH từ vi khuẩn E. coli khi biểu hiện trong cây thuốc lá (Nicotiana tabacum cv.„SR1‟) làm tăng cường khả năng chống chịu thuốc bảo vệ thực vật phosphinithricin (PPT), làm tăng sinh khối thực vật, hàm lượng axit amin tự do và carbohydrate (Ameziane et al., 2000), tăng khả năng chịu hạn (Mungur et al., 2006). Các enzyme GDH phụ thuộc NADPH được mã hoá bởi gen gdhA của E. coli khi biểu hiện trong ngô cũng cải thiện sức sống của cây trong điều kiện thiếu nước (Lightfoot et al., 2007). Do đó, trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến hành phân lập gen gdhA mã hoá cho GDH từ chủng vi khuẩn E. coli JM109, cải biến gen này và tái tổ hợp vào vector biểu hiện thực vật để phục vụ công tác chuyển gen vào cây đích là cây ngô. Trước tiên, chúng tôi tiến hành chuyển gen gdhA cải biến vào cây mô hình thuốc lá để kiểm tra sự biểu hiện của gen cải biến trong cấu trúc đã được thiết kế. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Ba chủng vi khuẩn E. coli JM109, chủng E. coli DH10β và chủng A. tumefaciens EHA105 đã được lưu giữ tại Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Các vector được sử dụng gồm: vector tách dòng pJET 1.2, vector tách dòng trung gian pRTRA7/3 mang promoter CaMV35S, vector biểu hiện thực vật pCAMIA1300. Bảng 1. Các cặp primer được thiết kế để nhân gen Tên mồi Trình tự mồi gdhAF 5‟ GAAGGATCCAGGATGGATCAGACATATTCTCT 3‟ gdhAR 5‟ATTATGCGGCCGCTTATTAAATCACACCCTGCGC 3‟ gdhABamHIF 5‟ ACAGATGGATCCGATCAGACATACTCTCTGGAGTC 3‟ gdhANotIR 5‟ AGTGATGCGGCCGCGATCACACCCTG 3‟ HptF 5‟ AAAGCCTGAACTCACCGC 3‟ HptR 5‟ GCTTTCCACTATCGGCGA 3‟ CaMV35SF 5‟ CACTGACGTAAGGGATGACGC 3‟ cmycR 5‟ TATCGACGGGATCGGGCTAGAGTTCG 3‟ Pham Thi Hang et al. 72 Phân lập gen gdhA từ các chủng vi khuẩn Gen gdhA được nhân từ DNA tổng số của 3 chủng vi khuẩn E. coli bằng kỹ thuật PCR với cặp mồi gdhAF/R. Sản phẩm PCR được tinh sạch theo quy trình của bộ kit GeneJET Gel Extraction Kit của hãng Thermo Scientific và được tạo dòng trong vector pJET1.2 theo quy trình của bộ kit Clone JET Kit của hãng Thermo Scientific. Xác định và phân tích trình tự gen gdhA Trình tự nucleotide được xác định dựa trên nguyên tắc của phương pháp Sanger trên hệ thống máy giải trình tự ABI 3500. Kết quả giải trình tự được xử lý bằng phần mềm BioEdit. Trình tự gen sau khi xử lý được so sánh với cơ sở dữ liệu trên ngân hàng gen và đăng ký lên ngân hàng gen với mã số KT124225. Cải biến gen gdhA Trình tự gen gdhA từ vi khuẩn chưa qua cải biến được đưa lên phân tích trên công cụ phân tích codon hiếm để đánh giá chỉ số CAI của gen gdhA khi được đưa vào biểu hiện trong cây ngô. Sau khi cải biến, chỉ số CAI tăng lên 0,8–1,0 coi như cải biến thành công. Kiểm tra trình tự amino axit của gen được cải biến bằng phần mềm Expasy để đánh giá mức độ chính xác của những thay đổi này. Trình tự cải biến được giữ nguyên các đặc điểm của gen trên 2 nucleotide đầu của mỗi mã bộ ba, chỉ cải biến vị trí thứ 3 trên mỗi mã bộ ba. Sau đó, gen được tổng hợp hoàn chỉnh với các mã bộ ba đã cải biến. Thiết kế vector mang cấu trúc biểu hiện CaMV35S::gdhA::35S Vector tách dòng pJET1.2 mang gen gdhA đã cải biến được dùng làm khuôn trong phản ứng PCR với primer gdhABamHIF/NotIR nhân đoạn gen gdhA treo điểm nhận biết của BamHI và NotI nhằm gắn với vector trung gian pRTRA7/3 đã được xử lý BamHI và NotI. Vector pRTRA7/3 có chứa cấu trúc CaMV35S::35S gồm promoter CaMV35S và terminator 35S, gen gdhA được chèn vào giữa promoter và terminator để tạo cấu trúc biểu hiện CaMV35S::gdhA::35S. Sau đó toàn bộ cấu trúc được đọc trình tự để kiểm tra lại tính chính xác của gen cũng như điểm nối. Đoạn cấu trúc biểu hiện gen được cắt với HindIII và ghép nối với vector biểu hiện thực vật pCAMBIA 1300 đã mở vòng với HindIII (hình 1). Vector tái tổ hợp pCAMBIA1300 được biến nạp vào A. tumefaciens theo phương pháp xung điện. Hình 1. Sơ đồ thiết kế vector biểu hiện thực vật mang gen gdhA Chuyển gen cải biến gdhA có nguồn gốc E. coli 73 Chuyển gen gdhA vào cây thuốc lá mô hình N. tabacum K326 theo phương pháp mảnh lá (Topping, 1998) Chủng vi khuẩn A. tumefaciens mang vector tái tổ hợp chứa gen gdhA được nuôi cấy trong môi trường có kháng sinh chọn lọc kanamycin và rifamycin trong 48 giờ, sau đó nuôi phục hồi cho tới khi đạt OD600nm = 0,7. Ly tâm thu sinh khối vi khuẩn, hoà tan trong môi trường ½ MS (Murashige and Skoog medium) để chuẩn bị biến nạp. Các mảnh thuốc lá N. tabacum có kích thước 1×1 cm được ngâm trong dịch huyền phù tế bào vi khuẩn trên trong 15 phút. Các mảnh lá này sau đó được tái sinh trên môi trường ra chồi MS có bổ sung BAP (6-benzylaminopurine). Những chồi phát triển tốt được cắt chuyển sang môi trường ra rễ. Khi cây phát triển hoàn thiện về hình thái được chuyển ra giá thể. Đánh giá cây thuốc lá chuyển gen gdhA thế hệ T0 Khi các cây thuốc lá chuyển gen ra lá mới và phát triển bình thường, chúng tôi tiến hành thu mẫu lá non của cây để tách chiết DNA và RNA tổng số. Các mẫu DNA tổng số sau đó được sử dụng làm khuôn mẫu cho phản ứng PCR với 2 cặp mồi: HptF/R và gdhABamHIF/NotIR kiểm tra sự có mặt của cấu trúc biểu hiện gen gdhA trong cây thuốc lá chuyển gen thế hệ T0. Đồng thời, chúng tôi cũng kiểm tra sự hoạt động phiên mã của gen gdhA thông qua phản ứng RT-PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu gdhABamHIF/NotIR. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Phân lập gen gdhA từ chủng vi khuẩn E. coli JM109 Dựa trên những thông tin về trình tự gen gdhA đã công bố trên GenBank, chúng tôi đã thiết kế cặp mồi đặc hiệu gdhA F/R cho phản ứng PCR nhân đoạn gen gdhA. Trong nghiên cứu này, DNA tổng số được tách chiết từ ba chủng vi khuẩn E. coli (JM109, Top10, DH5α) theo phương pháp tách DNA tổng số của Sambrook et al. (1989). Phản ứng PCR được thực hiện với khuôn mẫu là DNA, sử dụng enzyme DreamTaq polymerase với cặp mồi gdhA F/R nhiệt độ gắn mồi 63oC. Kết quả điện di sản phẩm PCR trên gel agarose 0,8% (hình 2) cho thấy, cả 3 chủng vi khuẩn E. coli: JM109, Top10, DH5α cho sản phẩm PCR với một băng DNA với kích thước ước tính khoảng 1,4 kb. Các băng đều sáng, rõ nét, kích thước này phù hợp theo tính toán của chúng tôi khi thiết kế cặp mồi nhân gen gdhA. Hình 2. Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm PCR nhân gen gdhA: Đường chạy 1: Sản phẩm PCR với khuôn là DNA tổng số tách từ chủng JM109, đường chạy 2: Sản phẩm PCR với khuôn là DNA tổng số tách từ chủng Top10, đường chạy 3: Sản phẩm PCR với khuôn là DNA tổng số tách từ chủng DH5α Tuy nhiên, để khẳng định chính xác sản phẩm thu được là gen gdhA, chúng tôi đã tiến hành tách dòng, xác định trình tự nucleotide và so sánh với trình tự gen gdhA trên Ecogene. Plasmid tái tổ hợp mang đoạn gen ngoại lai được xác định trình tự bằng máy giải trình tự ABI 3500, sử dụng cặp mồi pJET1.2F/R. Kết hợp giữa kết quả giải trình tự mồi pJET1.2F và pJET1.2R, chúng tôi thu được trình tự đầy đủ của gen gdhA có kích thước 1344bp. Kết quả xác định trình tự được xử lý bằn phần mềm BioEdit và so sánh trình tự này với trình tự tham chiếu trên Ecogene (mã số: EG10372), cho thấy gen gdhA phân lập được có độ tương đồng 100%. Trình tự gen gdhA phân lập được đã được đăng ký trên ngân hàng gen với mã số KT124225 (hình 3). Như đã đề cập, gdhA là một gen từ vi khuẩn, do đó nếu chuyển vào thực vật mà không được cải biến sẽ khó có sự biểu hiện của protein trong tế bào thực vật chuyển gen. Sở dĩ có hiện tượng này là do sự khác biệt giữa tỉ lệ nucleotide AT và GC trong bộ gen của vi khuẩn và thực vật. Từ đó, một chỉ số (CAI-codon adoption index) được đưa ra để đánh giá và phân tích độ tương thích của các bộ 3 mã hóa codon trong sự biểu hiện của gen trong một vật chủ khác loài. Để đánh giá được Pham Th ... úc biểu hiện mang gen đích gdhA và cấu trúc mang gen Hyg là chỉ thị chọn lọc thực vật được thể hiện ở hình 6B. (A) (B) Hình 6. (A): Kiểm tra vector biểu hiện thực vật mang gen gdhA: Đường chạy 1: Vector pCAMBIA1300 mở vòng với HindIII; Đường chạy 2: Vector pCAMBIA1300 - gdhA cắt với HindIII; (B): Sơ đồ vector pCAM/35S-gdhA Tạo chủng vi khuẩn A. tumefaciens mang vector tái tổ hợp pCAMBIA1300-gdhA Hình 7. Kiểm tra sự có mặt gen gdhA trong vi khuẩn A. tumefaciens: (+): PCR từ plamid đối chứng dương; 1–8: PCR từ các dòng khuẩn lạc A. tumefaciens Với mục đích chuyển gen vào thực vật, các chủng vi khuẩn A. tumefaciens EHA105 tái tổ hợp mang các cấu trúc biểu hiện gen (Ti-plasmid) được tạo ra bằng phương pháp xung điện. Các thể biến nạp sau khi được sàng lọc bằng môi trường nuôi cấy có bổ sung chất kháng sinh kanamycin (100 µg/ml) được tiếp tục kiểm tra sự có mặt của vector biểu hiện gen bằng phản ứng PCR với các cặp mồi đặc hiệu. Kết quả PCR thể hiện trên hình 7 cho thấy một số dòng được lựa chọn cho kết quả dương tính với gen gdhA. Kết quả này chứng tỏ các dòng vi khuẩn A. tumefaciens đã mang vector biểu hiện có chứa gen gdhA. Đây là nguồn nguyên liệu sử dụng cho các thí nghiệm tiếp theo nhằm chuyển gen gdhA vào thực vật. Chuyển gen vào cây thuốc lá mô hình N. tabacum K326 Để kiểm tra sự hiệu quả của việc thiết kế vector biểu hiện thực vật mang gen gdhA, thí nghiệm chuyển gen gdhA vào cây thuốc lá mô hình N. tabacum K326 được thực hiện. Kết quả của chuyển gen gdhA vào cây thuốc lá thể hiện ở bảng 3. Sau ba lần lây nhiễm, thu được 20 cây thuốc lá chuyển gen T0. Tất cả các cây này được đánh số và kiểm tra sự có mặt của gen gdhA bằng kỹ thuật PCR. Chuyển gen cải biến gdhA có nguồn gốc E. coli 79 Bảng 3. Kết quả chuyển gen vào cây thuốc lá mô hình N. tabacum K326 Số mẫu biến nạp Số mẫu tạo chồi Số chồi tái sinh Số cây thu được 100 74 37 20 Khi cây đã ra lá mới và phát triển bình thường, mẫu lá non của tất cả các cây thuốc lá chuyển gen được thu ngẫu nhiên để tách chiết DNA tổng số và PCR kiểm tra. Trong nghiên cứu này, phản ứng PCR được thực hiện sử dụng hai cặp mồi: Cặp mồi Hpt F/R nhân đoạn gen mã hoá cho gen chỉ thị kháng Hygromycin và cặp mồi nhân gen đích gdhABamHIF/NotIR. Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm PCR được thể hiện trên hình 8. Kết quả điện di cho thấy, khi PCR với cặp mồi HptF/R có 4 mẫu: 10, 13, 15 và 18 (tương ứng với các đường chạy: 4, 5, 6 và 7 trên gel agarose) xuất hiện băng DNA có kích thước tương đương với đối chứng dương, trong khi đó khi PCR bằng cặp mồi nhân gen đích chỉ có 2 mẫu xuất hiện đoạn DNA có kích thước tương đương với kích thước sản phẩm PCR của mẫu đối chứng dương (mẫu số 15 và 18 tương ứng với đường chạy số 6 và 7 trên gel agarose). Như vậy, có thể khẳng định rằng, trong 20 mẫu cây non thu được 2 mẫu mang cấu trúc biểu hiện gen gdhA: Số 15 và số 18. Các cây dương tính với phản ứng PCR được giữ lại, tiếp tục quan sát phục vụ những phân tích, đánh giá khả năng hoạt động và biểu hiện của gen. (A) (B) Hình 8. Kết quả kiểm tra sự có mặt của gen chuyển trong cây thuốc lá chuyển gen T0 bằng PCR, (A): PCR kiểm tra bằng cặp mồi nhân gen Hygromycin (HptF/R): (-): PCR từ nước, (+): PCR từ plasmid pCAM1300_gdhA; WT: PCR từ DNA tổng số của cây thuốc lá không chuyển gen; 1–8: PCR từ DNA tổng số của một số cây thuốc lá chuyển gen gdhA (tương ứng với các cây: 1, 4, 7, 10, 13, 15, 18); (B): PCR kiểm tra bằng cặp mồi nhân gen gdhA: (-): PCR từ nước, (+): PCR từ plasmid pCAM1300_gdhA; WT: PCR từ DNA tổng số của cây thuốc lá không chuyển gen; 1–8: PCR từ DNA tổng số của một số cây thuốc lá chuyển gen gdhA (tương ứng với các cây: 1, 4, 7, 10, 13, 15 và 18) Hình 9. Kết quả kiểm tra gen gdhA trong cây thuốc lá T0 bằng RT-PCR: (+): PCR từ plasmid pCAM1300_gdhA; (-): PCR từ nước; 1–2: RT-PCR từ cDNA của 2 cây thuốc lá chuyển gen gdhA 15 và 18 Tuy nhiên, PCR dương tính không đồng nghĩa với chuyển gen thành công vì có nhiều cách để giải thích sự có mặt của DNA trong mẫu phân tích: (1): Trong các nghiên cứu chuyển gen nhờ A. tumefaciens, loài vi khuẩn này thường tồn tại lâu dài trong mô tế bào thực vật mặc dù đã trả qua quá trình loại bỏ vi khuẩn và chọn lọc tế bào thực vật chuyển gen. (2): Gen chuyển tồn tại tự do trong tế bào chất, có thể biến mất qua sinh sản hữu tính, (3): Gen chuyển không biểu hiện thành protein có chức năng sinh học. Do đó, kỹ thuật RT-PCR được sử dụng để xác định khả năng hoạt động của gen gdhA trong các cây thuốc lá chuyển gen dương tính với phản ứng PCR. Đây là kỹ thuật cho phép phát hiện sự biểu hiện của gen chuyển thông qua hoạt động phiên mã của gen ngoại lai trong cây thuốc lá chuyển gen. Các tổng cây thuốc lá được tách chiết RNA số, thực hiện tổng hợp cDNA sợi Pham Thi Hang et al. 80 thứ nhất theo bộ kit của hãng Affymetrix và sau đó tiến hành phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu gdhABamHIF/gdhANotIR. Sản phẩm PCR được kiểm tra trên gel agarose 0,8% (hình 9). Kết quả điện di cho thấy, ở cả 2 đường chạy đều xuất hiện đoạn DNA với kích thước tương đương với kích thước của mẫu đối chứng. Như vậy, cả hai cây thuốc lá chuyển gen T0 chuyển gen dương tính với PCR đều mang gen hoạt động phiên mã tạo sản phẩm mRNA. Hai cây thuốc lá chuyển gen gdhA thế hệ T0 dương tính với phản ứng RT-PCR được tiếp tục theo dõi phục các phân tích tiếp. Các nghiên cứu trên thế giới cho thấy năng suất của cây trồng bị ảnh hưởng bởi rất nhiều các yếu tố khách quan bên ngoài. Một trong số đó là hạn hán do ức chế sự phát triển và làm giảm quá trình quang hợp ở cây. Lightfoot et al. (2007) khi nghiên cứu sự biểu hiện của gen gdhA của E. coli mã hoá cho enzyme GDH phụ thuộc NADPH trong cây ngô đã chỉ ra gen gdhA giúp cây ngô tăng năng suất trong một vài năm, đặc biệt trong môi trường stress hạn, do đó sự tăng năng suất có thể là do sự cải thiện khả năng chịu đựng stress hạn của cây ngô chuyển gen gdhA. Các tác giả cũng chỉ ra những cây ngô chuyển gen gdhA có khả năng chịu được mất nước trong 7 ngày, đồng thời khả năng quang hợp của các chuyển gen gdhA trong điều kiện hạn cũng không giảm đi nhiều trong khi các cây không chuyển gen thì quá trình quang hợp bị giảm đáng kể. Hơn nữa, nghiên cứu trước đó của Mungur và cộng sự (2006) cũng chỉ ra cây thuốc lá chuyển gen gdhA có khả năng chịu đựng mất nước tốt hơn các cây không chuyển gen. Cơ chế để gen gdhA giúp tăng cường khả năng chịu đựng sự thiếu nước ở thực vật có thể liên quan đến sự thay đổi lượng glutamate hoặc quá trình trao đổi chất. Trong các nghiên cứu của Ameziane et al. (2000) và Mungur et al. (2005) cho thấy ở lá và rễ của các cây thuốc lá chuyển gen gdhA nồng độ của hầu hết amino acid tự do đều nhiều gấp dôi so với bình thường. Các acid amin tăng lên trong cây chuyển gen gdhA có thể liên quan đến tăng glutamate, proline và arginine là các chất có hiệu quả ảnh hưởng đến chất thẩm thấu, điều này có thể giải thích một phần trong việc duy trì nước của các cây chuyển gen gdhA dưới điều kiện stress nước. Tuy nhiên, các ảnh hưởng gián tiếp của sinh trưởng và trao đổi chất ảnh hưởng đến khả năng chịu đựng thiếu nước là quá trình rất phức tạp. GDH-NADPH được biểu hiện trong tế bào chất của các cây chuyển gen, trong khi các gen nội sinh tổng hợp các enzyme trong tế bào chất sau đó được chuyển đến ty thể hoặc lục lạp. Các nghiên cứu trong tương lai với cây chuyển gen gdhA sẽ tập trung xác định xem chất chuyển hoá nào bị thay đổi và những chất nào liên quan đến khả năng chống chịu mất nước. Như vậy, gen gdhA của E. coli đã được cải biến để phù hợp với hệ gen của thực vật, khi chuyển gen gdhA cải biến vào cây mô hình thuốc lá, đã kiểm tra được sự hoạt động của gen gdhA ở mức độ phiên mã. KẾT LUẬN Trong nghiên cứu này, gen gdhA mã hoá cho NADPH-GDH từ chủng E. coli JM109 đã được phân lập và tạo dòng thành công. Đồng thời, gen gdhA đã được cải biến cho phù hợp thực vật và tái tổ hợp thành công trong vector biểu hiện pCAMBIA1300 dưới sự điều khiển của promoter CaMV35S, tạo được chủng vi khuẩn A. tumefaciens mang vector tái tổ hợp này làm nguyên liệu phục vụ chuyển gen thực vật. Kết quả chuyển gen gdhA vào cây thuốc lá mô hình N. tabacum K326 thu được 20 cây tái sinh và khi tiến hành chọn lọc thu được 2 cây (cây số 15 và cây số 18) có kết quả dương tính với PCR bằng cặp mồi nhân gen đích gdhABamHIF/gdhANotIR. Sự hoạt động của gen gdhA ở mức độ phiên mã trong các cây này đã được kiểm chứng với RT-PCR. Kết quả bước đầu này cho thấy cấu trúc biểu hiện gen gdhA trong vector pCAM/35S-gdhA mà chúng tôi thiết kế có thể hoạt động ở cây đích. Các thí nghiệm tiếp theo là chuyển gen này vào cây đích để kiểm tra sự hoạt động của gen gdhA trong cây đích và kiểm tra ở mức độ phiên mã, dịch mã và đánh giá tính chịu hạn nhân tạo trên cây đích. Lời cảm ơn: Công trình được thực hiện tại Viện nghiên cứu hệ gen với kinh phí từ đề tài cấp nhà nước “Phân lập thiết kế gen chịu hạn phục vụ công tác tạo giống ngô biến đổi Chuyển gen cải biến gdhA có nguồn gốc E. coli 81 gen”do Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn quản lý và một phần từ nguồn kinh phí cấp cơ sở. TÀI LIỆU THAM KHẢO Abdullah A. Y., Obeidat B. S., Muwalla M. M., Matarneh S. K., Ishmais M. A. A., 2011. Growth performance, carcass and meat characteristics of black goat kids fed sesame hulls and Prosopis juliflora pods. Asian-Aust. J. Anim. Sci., 24(9): 1217– 1226. Allen G. Good, Steven T. Zaplachinski, 1994. The effects of drought stress on free amino acid accumulation and protein synthesis in Brassica napus. Physiologia Plantarum, 90: 9 –14. Ameziane R., Bernhardt K., Lightfoot D. A., 2000. Expression of the bacterial gdhA gene encoding a glutamate dehydrogenase in tobacco and corn increased tolerance to the phosphinothricin herbicide. Martins- Loucao MA, Lips SH (eds) Nitrogen in a sustainable ecosystem, from the cell to the plant. 339–343. Ameziane R., Bernhard K., and Lightfoot D., 2000. Expression of the bacterial gdhA gene encoding a NADPH glutamate dehydrogenase in tobacco affects plant growth and development. Plant and Soil, 221(1): 47–57. Aubert D., Chen L., Moon Y. H., Martin D., Castle L. A., Yang C. H., and Sung Z. R., 2001. EMF1, a novel protein involved in the control of shoot architecture and flowering in Arabidopsis. The Plant Cell, 13(8): 1865–1875. Battraw M. J., Hall T. C., 1990. Histochemical analysis of CaMV 35S promoter-β-glucuronidase gene expression in transgenic rice plants. Plant Molecular Biology, 15: 527–538. Belkheiri O., Mulas M., 2013. The effects of salt stress on growth, water relations and ion accumulation in two halophyte Atriplex species. Environmental and Experimental Botany, 86: 17–28. Dong J. Z., Yang M. Z., Jia S. R., Chua N. H., 1991. Transformation of melon (Cucumis melo L.) and expression from the Cauliflower Mosaic Virus 35S promoter in transgenic melon plants. BioTechnology, 9: 858–863. Forde B. G., and Lea P. J., 2007. Glutamate in plants: metabolism, regulation, and signalling. J Exp Bot., 58(9): 2339–2358. Fry J., Barnason A., Horsch R.B., 1987. Transformation of Brassica napus with Agrobacterium tumefaciens-based vectors. Plant Cell Reports, 6: 321–325. Jefferson R. A., Klass M., Wolf N., Hirsh D., 1987. Expression of chimeric genes in Caenorhabditis elegans. J. Mol. Biol., 193(1): 41–46. Lam H. M., Hsieh M. H., Coruzzi G., 1998. Reciprocal regulation of distinct asparagine synthetase genes by light and metabolites in Arabidopsis thaliana. Plant J., 16: 345–353. Lightfoot D. A., Bernhardt K., Mungur R.; Nolte S., Ameziane R., Colter A., Jones K., Iqbal M. J., Varsa E. C., Young B. G., 2007. Improved drought tolerance of transgenic Zea mays plants that express the glutamate dehydrogenase gene (gdhA) of E. coli. Euphytica, 156: 106–115 Lindsey K., Gallois P., 1990. Transformation of sugarbeet (Beta vulgaris L.) by Agrobacterium tumefaciens. J. Exp. Bot., 41: 529–536. Loulakakis K. A., Primikirios N. I. Nikolantonakis M. A., Roubelakis Angelakis K. A., 2002. Immunocharacterization of Vitis vinifera L. ferredoxin-dependent glutamate synthase, and its spatial and temporal changes during leaf development. Planta, 215: 630–638. Mungur R., Glass A. D., Goodenow D.; Lightfoot D. A., 2005. Metabolite fingerprint changes in transgenic Nicotiana tabacum altered by the Escherichia coli glutamate dehydrogenase gene. J. Biomed Biotech., 198–214. Pham Thi Hang et al. 82 Mungur R., Wood A. J., Lightfoot D. A., 2006. Water potential is maintained during water deficit in Nicotiana tabacum expressing the Escherichia coli glutamate dehydrogenase gene. Plant Growth Regulation, 50: 231–238. Noctor G., Veljovic-Jovanovic S. D., Driscoll S., Novitskaya L., Foyer C. H., 2002. Drought and oxidative load in the leaves of C3 plants: a predominant role for photorespiration. Ann. Bot Lond., 89: 841–850. Odell J. T., Nagy F., Chua N. H., 1985. Identification of DNA sequences required for activity of the cauliflower mosaic virus 35S promoter. Nature, 313: 810–812. Rhodes C. A., Pierce D. A., Mettler I. J., Mascarenhas D., Detmer J. J., 1988. Genetically transformed maize plants from protoplasts. Science, 240: 204–207. Rhodes D., Verslues P. E., Sharp R. E., 1999. Role of amino acids in abiotic stress resistance. Plant Amino Acids: Biochemistry and Biotechnology, 319–356. Skopelitis D. S., Paranychianakis N. V., Paschalidis K. A., Pliakonis E. D., Yakoumakis D., Delis I. D., Kouvarakis A., Papadakis A. K., Stephanou E., Roubelakis-Angelakis K. A., 2006. Abiotic stress generated ROS signal expression of anionic glutamate dehydrogenases to form glutamate for proline synthesis. Plant Cell., 18: 2767–2781. Stitt M., Muller C., Matt P., Gibon Y., Carillo P. ,Morcuende R., Scheible W. R., Krapp A., 2002. Steps towards an integrated view of nitrogen metabolism. J. Exp. Bot., 53: 959–970. Terada R., Shimamoto K., 1990. Expression of CaMV 35S-GUS gene in transgenic rice plants. Molecular and General Genetics, 220: 389–92. Topping J.F. 1998. Tobacco transformation. Methods Mol Biol., 81: 365–372. Visser R.G., Stolte A., Jacobsen E., 1991. Expression of a chimaeric granule-bound starch synthase-GUS gene in transgenic potato plants. Plant Mol. Biol., 17(4): 691–699. Wooton J. C., 1983. Reassessment of ammonium ion affinities of NADP- specific glutamate dehydrogenases: activation of the Neurospora crassa enzyme by ammonium and rubidium ions. Biochem. J., 209: 527–531. Yang N. S., Christou P., 1990. Cell type specific expression of a CaMV 35S-gus gene in transgenic soybean plants. Developmental Genetics, 11: 289–293.
File đính kèm:
- chuyen_gen_cai_bien_gdha_co_nguon_goc_escherichia_coli_vao_c.pdf